Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_06/term1/Pr_2/Task2.doc Дата изменения: Mon Sep 18 16:39:11 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 18:09:20 2012 Кодировка: koi8-r

Материалы к занятию 2
Задания
Внимание: многие файлы, созданные на этом занятии, понадобятся на
следующем! Названия таких файлов подчеркнуты

1. Организация рабочей области.
Запустить FAR manager. На диске H создать каталог Term1 (первый
семестр), в нём подкаталог Practicе2 для хранения файлов 2-го занятия.
2. Создание протокола занятия
Создайте (посредством редактора Far) в каталоге Practicе2 файл
Protocol.txt для записи результатов заданий. Напишите заголовок:
«Протокол занятия 2». Ниже укажите дату создания протокола. С новой
строки напишите краткое название Вашего белка, имя его гена и номер
локуса. Сохраните файл.
3. Найти и сохранить описание Вашего белка и его гена
Из архива P:\y06\Term1\ecoli.zip скопируйте файл ecoli.embl в свой
каталог Practicе2. В файле ecoli.embl найдите информацию о вашем гене и
скопируйте её в новый файл с именем name.fasta, где name - краткое
название вашего белка..
Подсказка: информация о гене (название гена, номер локуса,
последовательность белка) заключена между двумя строками, начинающимися
с «FT CDS». Для поиска своего гена воспользуйтесь клавишей , для
копирования информации в другой файл - выделением блока (см. подсказку
по редактору FAR'а) и буфером (, ).
4. Создать файл с аминокислотной последовательностью в формате Fasta
Отредактируйте файл name.fasta так, чтобы в нем содержалась только
информация об аминокислотной последовательности в формате Fasta, т.е.
первая строка содержит название и описание белка в виде:

>name description , далее с новой строки - последовательность, в одну
или несколько строк, без пустых строк. В качестве названия используйте
краткое название, в качестве описания - ту часть информации о гене,
которая заключена в кавычки после /product= . Образец формата Fasta - в
файле Protein.fasta на диске P. Сохраните файл. Укажите в протоколе
полное имя полученного файла.
5. Сравнить тексты, написанные в разных кодировках
В протоколе напишите «Разные кодировки кириллицы». Пользуясь
возможностями Far (устанавливаете кодировку - набираете текст - смотрите
hex-коды) определить hex-коды пробела, русских букв "т" и "с", латинской
буквы "c", конца строки в каждой из кодировок DOS и Win. Результаты
опишите в протоколе.
6. Сравнить свойства файлов
Найдите не менее 2-х различий между файлами а1.txt и а2.txt в директории
P:\y06\Term1 (разные имена не в счет!). Результаты сравнения опишите в
следующем пункте протокола.

7. Набрать таблицу названий и обозначений аминокислот
| |Таблица названий и обозначений аминокислот |
|В файле aanames.txt |A Ala Alanine Аланин |
|наберите таблицу названий и|R Arg Arginine Аргинин |
|обозначений аминокислот в |N Asn Asparagine Аспарагин |
|виде 4-х столбцов: |D Asp Aspartic Acid Аспарагиновая кислота |
|однобуквенное обозначение; |C Cys Cysteine Цистеин |
|трехбуквенное обозначение; |Q Gln Glutamine Глутамин |
|русское (в Win-кодировке!) |E Glu Glutamic Acid Глутаминовая кислота |
|название; английское |G Gly Glycine Глицин |
|название. Аминокислоты |H His Histidine Гистидин |
|расположите в алфавитном |I Ile Isoleucine Изолейцин |
|порядке однобуквенных |L Leu Leucine Лейцин |
|обозначений. Используйте |K Lys Lysine Лизин |
|клавишу для |M Met Methionine Метионин |
|разделения обозначений в |F Phe Phenylalanine Фенилаланин |
|строках |P Pro Proline Пролин |
| |S Ser Serine Серин |
| |T Thr Threonine Треонин |
| |W Trp Tryptophan Триптофан |
| |Y Tyr Tyrosine Тирозин |
| |V Val Valine Валин |