Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_06/term4/task10.html
Дата изменения: Tue Apr 15 13:08:30 2008
Дата индексирования: Tue Oct 2 07:02:11 2012
Кодировка: Windows-1251

Task 10

Занятие 10. Эволюционные домены белков и их выравнивания

Ваша рабочая директория — H:\Term4\Practice10. Все файлы, относящиеся к этому занятию, в том числе протокол выполнения упражнений, должны лежать в этой директории.

Найдите в своем белке домены, аннотированные в банке эволюционных доменов Pfam, и опишите один из них.

Этапы работы:

Зайдите на страницу банка Pfam и последуйте по гиперссылке "Sequence search". Внесите в окошко последовательность Вашего белка, нажмите "Go" и дождитесь результата.

Занесите в протокол ответы на вопросы:

Сколько всего семейств и доменов нашлось в последовательности?
Сколько находок достоверны (подсвечены зеленым в таблице и приведены на графическом изображении)?
Каковы краткие названия (в колонке "Pfam-A") и полные названия (они же краткие описания, "Description") достоверных находок?

Скопируйте в протокол графическое изображение доменной структуры (или сохраните его в файл, название которого указано в протоколе).

Отступление: правильный и неправильный протоколы

Фрагмент правильного (один из многих возможных вариантов):

Упр.1
В последовательности моего белка нашлось 5 участков, сходных с доменами Pfam, 
из них 2 достоверных: "OmpA_membrane" (OmpA-like transmembrane domain) и
"OmpA" (OmpA family)

Соответствующий фрагмент неправильного:

1) 5
2) 2
3) OmpA_membrane, OmpA
   OmpA-like transmembrane domain, OmpA family

Выберите один из доменов (желательно, с наименьшим E-value). Кратко переведите его аннотацию.
Чтобы увидеть аннотацию домена, последуйте по гиперссылке в левой колонке или же ткните мышкой в его графическое изображение на схеме доменной структуры. На страничке (как правило) две аннотации: собственная Pfam (сразу под названием) и взятая из InterPro (ниже). Прочитайте обе аннотации и изложите своими словами то, что Вы поняли (а также укажите слова и фразы, которые понять не удалось). Если одна из аннотаций отсутствует, укажите это. Если в описании есть раздел "Clan" (группа, в которую входит данное семейство белков), напишите что-нибудь о нем.

Сколько белков с той же доменной организацией, что у вашего белка, описано в банке Pfam?

Сохраните на диск выравнивание представителей выбранного домена. Подровняйте полную последовательность своего белка к выравниванию домена. Импортируйте полученное выравнивание в GeneDoc.

Этапы работы:

На страничке домена выберите закладку "Alignments". В разделе "Formatting options" выберите "Seed" и формат "FASTA", нажмите "Generate".
В протокол внесите число последовательностей в "Seed" и "Full" (указаны в скобках).
Для получения выравнивания полной последовательности белка с уже готовым выравниванием домена воспользуйтесь программой mafft-profile, установленной на kodomo-count:
```
 mafft-profile domain.fasta sequence.fasta > alignment.fasta
```
(если выравнивание домена из Pfam лежит в файле "domain.fasta", а последовательность Вашего белка — в файле "sequence.fasta").
Как импортировать выравнивание из fasta-формата в GeneDoc, читайте здесь (пункт 3). Сохраните выравнивание в msf-формате (в файл с разумным названием), имя файла укажите в протоколе.

Пользуясь GeneDoc, определите границы (начало и конец) участка в Вашей последовательности, который выравнивается с представителями домена. Сравните с аннотацией (поле FT ключ "DOMAIN") из записи Swiss-Prot.

Дополнительное задание:
Откройте в RasMol структуру Вашего белка. Сохраните изображение одной из цепей в остовной модели, на котором цветом выделен участок, относящийся к домену. Внимание: нумерация в PDB-файле может не совпадать с "наивной" нумерацией последовательности!