Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_05/term3/help7.html
Дата изменения: Tue Oct 17 16:13:09 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 06:33:38 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Материалы к заданию 7 |
||||
Измерение шага спиралиИзобразите шариками атомы какого-нибудь одного типа (P или C1* или еще какого-нибудь...), поверните структуру так, чтобы она была видна "с торца" и оставьте в графическом окне только одну из двух цепей. Определив границы витка, измерьте а) расстояние между соответствующими атомами, б) число нуклеотидов, составляющих виток.Измерение ширины большой и малой бороздокШирина бороздки определена для конкретного нуклеотида в достаточно регулярной структуре. Это расстояние от атома фосфора данного нуклеотида до некоторого фосфора комплементарной цепи - такого, что расстояние до соседних фосфоров несколько больше.Помните, что большая бороздка не обязательно шире малой (но обязательно глубже). Где какая бороздка, разберитесь визуально. Программы пакета 3DNAПрограмма fiber не должна вызвать затруднений: выполните ее с опциейПрограммой find_pair можно пользоваться двояким образом. Во-первых, можно вывести ее результаты в файл: find_pair -t XXXX.pdb XXXX.fp(здесь XXXX.pdb - PDB-файл, содержащий изучаемую структуру ДНК или РНК, XXXX.fp - имя нового файла, в который будет помещены результаты). Так можно делать, если Вам нужна только информация о том, какой нуклеотид комплементарен какому. Во-вторых, можно перенаправить результат работы find_pair на вход программе analyze: find_pair -t XXXX.pdb stdout | analyzeПрограмма analyze создаст много файлов, нужные Вам сведения будут содержаться в файле XXXX.out. В частности, информация о торсионных углах alpha, beta и т.д. находится в этом файле после заголовка "Main chain and chi torsion angles". Чтобы выбрать необходимые параметры и опции программы pdb2img, запустите ее с
опцией
Чтобы повернуть молекулу, воспользуйтесь программой rotate_mol с опцией
Желающие могут почитать подробное описание пакета 3DNA (в формате postscript). Оно содержит, кроме технической информации, ряд сведений о параметрах, характеризующих форму спирали ДНК.
|