Занятие 12, 2005/2006

Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_05/term2/task12.html
Дата изменения: Tue Apr 25 13:58:28 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 07:00:45 2012
Кодировка: Windows-1251

Семейства белковых доменов. Pfam и InterPro.

Материалы к занятию 12

Упражнение 1. Опишите доменную структуру Вашего белка по данным Pfam.

Откройте главную страничку БД Pfam.
Найдите описание доменной структуры Вашего белка по AC или по ID UniProt.
В отчете приведите
   картинку со схематическим изображением доменной структуры;
   картинку с доменами, отмеченными на пространственной структуре Вашего белка, см. подсказку;
   табличку, в которой для каждого домена укажите идентификатор Pfam, сокращенное название домена (название записи Pfam), полное название на русском языке (см. раздел "InterPro description)  и положение домена в последовательности, например:

Идентификатор Pfam	Название записи	Полное название домена	Положение в последовательности хххх_Ecoli
PF00218	IGPS	Индол-3-глицерофосфатсинтетаза	4-252

Упражнение 2. Опишите семейство доменов, к которому относится N-концевой домен Вашего белка (рассматривать домены только из PfamA).

Перескажите своими словами, но близко к тексту, описание доменов данного семейства.
Сколько всего известно белков с доменами ххх? (здесь и далее xxx — название исследуемого домена)

Опишите, в каких таксонах встречаются белки с такими доменами, см. подсказку. Для этого заполните следующую табличку.

Таксон		Количество белков с доменом PF:::::.
Эукариоты	Растения
	Грибы
	Животные
Бактерии
Археи

Рассмотрите изображения основных типов доменной архитектуры (кнопка "View Graphic", флажок в окошке "representative architectures") и ответьте на следующие вопросы.
Что бывает чаще: домен ххх — единственный домен в белке, или домен ххх встречается в белках в сочетании с другими доменами?
Известны ли случаи дупликации домена ххх?
Известны ли случаи перестановки 2-х доменов местами, если один из доменов ххх?

Упражнение 3. Опишите документ InterPro.

Откройте главную страничку БД InterPro.
Проведите поиск документов по AC или ID UniProt Вашего белка.
Из списка полученных записей выберите ту, которая содержит наибольшее количество подписей (поле "Signatures")
Изучите формат документа InterPro, в отчет занесите

идентификатор документа;
его полное название;
общее количество белков, в которых обнаружены соответствующие мотивы.

*Если данная подпись находится в отношениях родства или вложенности с другими подписями, опишите эти отношения, для отношений родства, приведите дерево.

Упражнение 4. Опишите все подписи в Вашем белке, собранные в БД InterPro.

Найдите полное описание всех известных подписей в аминокислотной последовательности Вашего белка, см.подсказку.
Создайте графический файл с изображением всех мотивов в последовательности, см.подсказку.
Структурные мотивы не рассматриваем!!
Далее заполните табличку.

Название подписи	Положение в последовательности Хххх_Ecoli	Полное название базы данных	* Название организации, поддерживающей данную БД.	* Город и страна
NUCLEAR_REC_DBD_1	25-105	PROSITE	Swiss Institute of Bioinformatics	Швейцария, Женева

Формат отчета