| |
|
|
Модель судьбы вашего гена описана в виде
скобочной формулы здесь.
Расстояния даны как число мутаций на 100 нуклеотидных остатков.
- Создайте изображение дерева, описанного заданной Вам формулой.
Подпишите листья и длины ветвей.
- Опишите ветви дерева как разбиения множества листьев
(считая дерево бескорневым).
- Получите искуственные мутантные последовательности,
соответствующие листьям и узлам дерева, считая, что в корне находится
последовательность гена вашего белка (см. упражнение 2
второго
практикума прошлого семестра). В отчете приведите длину гена,
формулу для пересчета расстояний в число мутаций в вашем гене и
текст скрипта, которым получаются мутантные последовательности.
- На основе последовательностей, соответствующих
листьям, реконструируйте дерево алгоритмами UPGMA, Neighbor-joining и
максимального правдоподобия. Сравните деревья между собой и с правильным
деревом.
Будущий отчет (в формате MS-Word или HTML)
по этому и следующему занятиям должен будет содержать: рисунок дерева,
таблицу ветвей как разбиений, информацию из упр. 3 (см. выше), а также
деревья, полученные при реконструкции и результат их сравнения (рекомендуемую
форму описания сравнения деревьев см. в подсказках).
|
|