Занятие 3. Структура РНК

В директории Term3 создайте поддиректорию Practice3. Создайте файл analisys.doc, в который вы будете заносить результаты Вашего анализа.

Основная цель задания — провести анализ шпильки РНК, участвующей в метаболизме железа.

1. Скопируйте в рабочую директорию с диска Р файл 1aqo_1.pdb (в нем содержится один из вариантов структуры, приведенных в PDB-записи 1AQO). На основании третичной структуры определите, какая из стандартных форм ДНК более сходна с анализируемой структурой (приведите объяснения). Найдите двухспиральные участки в структуре (укажите диапазон в последовательности). Найдите петли и выпетливания (укажите диапазон или номера в последовательности). На основании полученных данных создайте таблицу, описывающую вторичную структуру РНК.

   Пример:

   Элемент	Диапазон
   Спираль 1	1–5, 15–20
   Петля 1	7–10
   Выпетливание 1	12

   Изобразите вторичную структуру РНК (в Word). Пример:

      U U
    U     U
     G--C
     |    A 
     G--C
    5'   3'
   

2. Программа einverted из пакета EMBOSS позволяет найти инвертированные последовательности в НК. Найдите возможные двухспиральные участки в последовательности исследуемой РНК. Сравните результаты с найденными Вами в 1-ом задании. Опишите в analisys.doc результаты сравнения, приведите объяснение различий.
    
3. Используя алгоритм Зукера, реализованный в программе mfold, постройте предполагаемые вторичные структуры исследуемой РНК. Найдите структуры с максимальным значением свободной энергии образования, при этом допустимое колебание энергии положите равным 15%. Сравните результаты с найденными Вами в 1-ом и 2-ом задании.

   В файл отчета надо внести графические изображения вторичных структур, предложенных mfold.