Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.su/~dolgov/zachet/treecompare.doc Дата изменения: Wed Nov 30 18:11:00 2005 Дата индексирования: Mon Oct 1 20:37:43 2012 Кодировка: koi8-r

Исходное дерево:
[pic]
Мы взяли исходное дерево и сравнили их с деревьями полученными по
алгоритмам Neighbor-Joining и максимальное правдоподобие.
Эти деревья были получены при использовании следующих программ:
Neighbor-Joining - eneighbor (полученное дерево)
Максимальное правдоподобие - ednaml (полученное дерево)
Полученные деревья:
Дерево программы eneighbor:
+---C
+--3
! +----D
!
--4--------E
!
! +----------------A
! +--------1
+--------------------2 +-------------------B
!
+------------------F

Дерево программы ednaml:
+---------------------B
!
! +----------------------F
--1----------4
! ! +-D
! +--------------------------2
! ! +------E
! +--3
! +--C
!
+---------------A

Для сравнения работы программ было построена следующая таблица. В этой
таблице сравниваються полученные деревья с исходным. Для сравнения взят
следующий признак:
Необходимо чтобы была возможность выделить два «листа» на одной
ветке.

|Ветвь|Исходное|Neighbo|Максимальное|
| | |r- | |
| |дерево |Joining|правдоподоби|
| | | |е |
|ABCDE| | | |
|F | | | |
|11000|+ |+ |+ |
|0 | | | |
|00110|+ |+ |- |
|0 | | | |
|00111|+ |+ |+ |
|0 | | | |



Вывод:
Как видно из таблицы лучшим методом, в данном случае, является Neighbor-
Joining.
Причём метод максимального правдоподобия нашел те общие ветки которых
нет на исходном дереве.
|Ветвь|Исходное|Neighbo|Максимальное|
| | |r- | |
| |дерево |Joining|правдоподоби|
| | | |е |
|ABCDE| | | |
|F | | | |
|00101|- |- |+ |
|0 | | | |


Информация по программам используемых для построения деревьев:
Еneighbor - программа строит деревья по методу Neighbor-Joining.
Этот метод основан на матрице эволюционных расстояний, вычисленных
по Jukes-Cantor - учитываеться возможность обратных замен.

Еdnaml - программа строит деревья по методу максимального
правдоподобия.
Этот метод основан на результатах множественного выравнивания.
Программа строит дерево с учетом того, чтобы расстояния между
последовательностями были минимальны.



-----------------------
10

10

30

20

20

20

80

80

80

80

F

E

D

C

B

А