Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.su/~cheshirec/term2/domens.html
Дата изменения: Fri Sep 17 01:46:01 2004
Дата индексирования: Mon Oct 1 20:35:43 2012
Кодировка: Windows-1251
Описание свойств FecA E.coli в производных базах данных

Описание свойств FecA E.coli в производных базах данных


Работа с прoграммами: Internet Explorer




Базы данных Prosite, Pfam и Interpro - базы, содержащие в себе информацию об известных доменах, мотивах и других известных функционально важных участках белков. Базы данных построены на разных принципах и служат различным целям.

В основе Prosite лежат паттерны, фиксирующие мотивы функциональных сайтов белков. В последнее время в Prosite налаживается применение PSSM-профилей. Предназначена для поиска в последовательностях участков, соответствующих определенным мотивам и записанных в виде соответствующих паттернов.

Pfam содержит в себе перечень известных доменов, входящих в состав белков. Поиск доменов производится с помощью HMM-профилей, которые строятся на основе последовательностей, для которых установлено их соответсвие данному домену. Удобна для изучения доменного состава белков, а также свойств и функций его отдельно взятых доменов.

Interpro - интегрированная база данных, объединяющая разного рода информацию из различных баз данных. Полезна в качестве отправной точки при разностороннем изучении свойств и структуры белка.



В задачи текущего занятия входило определение доменного состава белка с помощью б/д Pfam, поиск известных мотивов в его последовательности с помощью Prosite и сбор обзорной информации о последовательности с использованием ресурсов Interpro.



  1. Доменная структура
  2. Мотивы в аминокислотной последовательности
  3. Данные InterPro

Главная страница