Поиск производился по банку данных Swissprot
* Фрагмент 1 - фрагмент белка FECA_ECOLI из 30 аминокислот. Фрагмент 2 - фрагмент белка FECA_ECOLI из 30 аминокислот c тремя изменениями. Фрагмент 3 - фрагмент белка FECA_ECOLI из 10 аминокислот.
Причины отличий и сходства значений данных величин при поиске по этим фрагментам.
- Выравнивание с фрагментом 1 дает 100% identity и наибольшую цену выравнивания и
наименьший E-value, так как фрагмент имеет длинну 30 и полностью идентичен
соответствующему участку белка.
- Выравнивание с фрагментом 2 дает 90% совпадений, так как 3 аминокислоты
второго фрагмента (что как раз составляет 10% его длинны) заменены на другие
случайным образом. Большой вес выравнивания и маленькие E-value сохраняются при
этом благодаря большой длинне фрагмента и большому количеству совпадений между
ним и исходным белком.
- Выравнивание с фрагментом 3 дает наибольший E-value и наименьший вес выравнивания, так как длинна фрагмента минимальна - составляет 10 аминокислот.
(на примере поиска по последовательности репрессора рибозного оперона RbsR из Bacillus subtilis)
Среди найденных белков 6 выполняют ту же функцию, что и рибозный репрессор из Bacillus subtilis, но в списке так же встречаются паралоги, причем, при отсутствии представления о фунукциях белков, невозможно провести четкой границы между ортологами и паралогами.
Вывод: PBLAST не позволяет выявить принадлежность белков к ортологам.