Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/StudentScience/diplom_2008/gottikh.doc Дата изменения: Thu May 8 12:48:02 2008 Дата индексирования: Mon Oct 1 23:19:02 2012 Кодировка: koi8-r

Темы дипломных работ для студентов факультета биоинженерии и биоинформатики


Тема 1:
Исследование влияния мутаций в составе интегразы ВИЧ-1 на структуру
интегразы и ее функциональную активность.

Руководитель д.х.н., проф. Готтих Марина Борисовна
отдел химии нуклеиновых кислот,
Корпус «А», к. 328
Тел. 939-54-07


Работа может быть как экспериментальной, т.е. непосредственное
получение мутантов и исследование их ферментативной активности, так и
теоретической с использованием существующих моделей интегразы.
Вирус иммунодефицита человека (ВИЧ) поражает иммунную систему и
вызывает одно из опаснейших заболеваний - синдром приобретенного
иммунодефицита (СПИД). Современная комплексная терапия не позволяет
полностью остановить репликацию ВИЧ или иными словами полностью вылечить
СПИД, она только дает возможность продлить время жизни больных СПИДом. ВИЧ
относится к семейству ретровирусов, геном которых в составе вириона
представлен молекулой РНК. После проникновения вируса в клетку человека,
происходит синтез ДНК-копии вирусного генома и встраивание (интеграция)
этой вирусной ДНК в геном человеческой клетки. Интеграция ДНК вируса
иммунодефицита человека в геном зараженной клетки является одной из
ключевых стадий репликативного цикла этого вируса. В этой связи вирусный
фермент интеграза, осуществляющий процесс интеграции, представляет большой
интерес в качестве мишени для новых противовирусных препаратов. Однако
создание ингибиторов интегразы тормозится недостатком знаний и структуре
этого фермента и механизма его функционирования. В данный момент интеграза
исследуется в основном с помощью биохимических методов, в том числе
аффинной модификации и мутагенеза. Построено несколько моделей интегразы,
но ни одна из них еще не получила достоверного подтверждения. Задача
дипломной работы заключается в получении новых экспериментальных данных для
подтверждения одной из существующих моделей или в использовании этой модели
для предсказания возможного влияния мутаций на структуру интегразы, а в
дальнейшем сравнения предсказаний с экспериментальными данными.



Тема 2.
Моделирование и конструирование систем сайт-специфической интеграции ДНК на
базе интегразы ретровируса HFV.

Руководитель д.х.н., проф. Готтих Марина Борисовна
отдел химии нуклеиновых кислот,
Корпус «А», к. 328
Тел. 939-54-07


Ретровирусы - оптимальная основа для конструирования генно-инженерных
векторов. Единственное, что мешает активному развитию этой области - не
сиквенс-специфичное действие ретровирусных интеграз (ферментов,
осуществляющих встраивание ретровирусной ДНК в геном инфицированной
клетки). В данном проекте планируется модифицировать интегразу одного из
ретровирусов (HFV - human foamy virus) таким образом, чтоб обеспечить ее
сиквенс-специфичное узнавание определенного фрагмента клеточной ДНК
человека.



Тема 3.
Определение клеточного кооператора интегразы ретровируса HFV, его
выделение, характеристика, определение особенностей его взаимодействия с
интегразой HFV.

Руководитель д.х.н., проф. Готтих Марина Борисовна
отдел химии нуклеиновых кислот,
Корпус «А», к. 328
Тел. 939-54-07


Для интегразы ВИЧ-1 показано, что в инфицированной клетке присутствует
белок клеточного происхождения (транскрипционный фактор LEDGF),
способствующий интеграции. В данном проекте мы работаем над поиском
аналогичного клеточного партнера для интегразы ретровируса HFV. Обнаружение
клеточного партнера нечет в себе как фундаментальную научную задачу, так и
практическую пользу, так и его можно будет модифицировать с целью
обеспечить специфическое узнавание интегразой ДНК (см. тему 2).




В всех данных работах студент сможет ознакомиться с такими
экспериментальными методами, как:
- методы молекулярного клонирования;
- гельэлектрофорез в агарозном и полиакриламидном гелях;
- сайт-направленный мутагенез;
- культивация прокариотических и эукариотических клеток и т.д.

Владение биоинформатическими методами исследования приветствуется, возможно
их активное применение в работе.