Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/help_16.doc Дата изменения: Wed Mar 3 23:00:21 2004 Дата индексирования: Mon Oct 1 21:46:38 2012 Кодировка: koi8-r

Материалы к занятию 16
Подсказки

Выравнивания принято представлять в виде специальным образом
организованного текста:
1) выравнивания разбивается на блоки определенной длины (это удобно
для вывода на печать длинных выравниваний);
2) выбирается шрифт с постоянной шириной символа, например, Courier;
3) часто указываются ?? позиций выравнивания (с интервалом через 10), а
также ?? позиций в
последовательностях, соответствующих позиции конца блока
выравнивания; это удобно для анализа
выравнивания;
4) для демонстрации каких либо особенностей выравнивания принято
раскрашивать столбцы или строки;
5) под выравниванием часто приводят консенсусную последовательность;
6) иногда для дальнейшего анализа удобно удалить из выравнивания
столбцы, содержащие гэпы или другие особые столбцы, при этом
остальные столбцы должны сохраниться.
Такие тексты сложно редактировать с помощью обычных текстовых редакторов.
Существуют специальные редакторы выравниваний, например, GeneDoc.

GeneDoc создает и читает файлы *.msf .

Для создания нового файла *.msf используйте кнопки «FILE»(«New», а затем
импортируйте Ваши данные.

1. Импорт выравнивания из файла
Для импорта выравнивания в одном из стандартных форматов (например,
FASTA или Clustal) используйте кнопку «File»( «Import».

2. Импорт последовательности из файла
Для импорта последовательности в одном из стандартных форматов
(например, FASTA) откройте окно диалога «Sequence Edit Dialog» с
помощью кнопки «S» («Sequence List») во второй строчке панели
управления.
Кнопка «Done» служит для завершения импорта.

3. Уберите раскраску выравнивания и консенсусную последовательность,
созданные
программой по умолчанию.
Кнопка «Shade» открывает меню разных способов раскраски.
Кнопка «Shade» ( «Clear all shading» служит для снятия любой
раскраски.
Снимите также флажок «Enable Similarity Group» в меню «Shade».
Двойной щелчок по кнопке «С» в третьей строчке панели управления
откроет таблицу, которая позволит Вам выбрать желаемый тип совпадения (
"Conserved"), цвет буквы и цвет фона ("Primary colours"). «Уровень
раскраски» (shade levels) подберите экспериментально используя кнопки «0»,
«2», «3», «4» в третьей строчке панели управления.
Добейтесь того, чтобы программа закрашивала те столбцы, в которых
аминокислотные остатки в 2-х последовательностях совпадают

4. Самый простой способ выравнять 2 последовательности:
Подведите курсор к букве и 2 раза щелкните по левой кнопке мыши, а
затем используя клавиши Ins и Del попробуйте выровнять последовательности
так, чтобы число совпадений было максимально.
В процессе работы раскраска может стать неправильной, попробуйте ее
исправить с помощью кнопок
«0», «2», «3», «4» в третьей строчке панели управления.
5. Как придать желаемый вид выравниванию?
Щелчок по кнопкам «Project» ( «Configure» откроет таблицы для
конфигурации.
Здесь Вы найдете все - и длину блока, и наличие консенсуса, и интервал
разметки и многое другое.
6. Как сохранить раскрашенное выравнивание в виде документа Word?
Щелчок по кнопке «Edit» откроет меню, в нем поставьте флажок «Select
Blocks for Copy», а затем с помощью мышки отметьте те блоки выравнивания,
которые хотите скопировать.
В меню «Edit» выберите «Copy Blocks to rtf».