Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/credit5_html.doc
Дата изменения: Sat Apr 3 17:10:46 2004
Дата индексирования: Mon Oct 1 22:21:17 2012
Кодировка: koi8-r

Внимание! В связи с задержкой вывешивания требований к html-страницам, дата
сдачи страниц перенесена на 16 апреля.
Уважаемые студенты первого курса!
Зачет за второй блок курса биоинформатики вы сможете получить, если до
20.00 16 апреля преподаватели смогут обнаружить в директории
H:/TERM2/Credits/Credit5/ следующие файлы:

. html-страницу (alignment.html) с описанием наиболее ярких результатов
занятия ?20 "Парные выравнивания с помощью программ из пакета EMBOSS" (4
балла)
. html-страницу (blastp.html) с описанием наиболее ярких результатов
занятия ?21 "BLAST - инструмент для быстрого поиска последовательностей в
банках данных по гомологии" (2 балла)

Требования, предъявляемые к оформлению и содержанию html-страниц

Страница alignment.html

Заголовок страницы - "Глобальное и локальное выравнивание аминокислотных
последовательностей". Укажите список программ, которые вы использовали на
занятии ?20 (по аналогии с предыдущим семестром).
Страница должна состоять из трех частей: первая часть - матрицы переходов
глобального и локального выравнивания, вторая часть - поиск участков
локальной гомологии, третья часть - влияние параметров на глобальное
выравнивание.

Часть1:
Подзаголовок - "Матрица переходов". Эта часть должна включать:
(для глобального и локального выравнивания)
. последовательности, для которых строилась матрица переходов
. параметры, использовавшиеся при построении матрицы
. картинка с матрицей переходов
. выравнивание, соответствующие оптимальному пути (или двум в случае
локального выравнивания)
. вес оптимального пути (вес оптимального и субоптимального путей в
случае локального выравнивания)
Часть2:
Подзаголовок - "Поиск участков локальной гомологии". Эта часть
посвящена анализу результатов, полученных с помощью программы
построения локального выравнивания matcher (пункт ?2 вашего задания на
занятии ?20) и должна включать:
. последовательности, для которых вы строили локальное выравнивание
. координаты двух участков, из которых была построена вторая
последовательность - последовательность из файла file3.txt
(напоминаю, что в задании вы строили выравнивание между
последовательностью вашего белка (file1.txt) и искусственно
созданной последовательностью (file3.txt), которая состояла из двух
коротких участков последовательности вашего белка)
. соответствующие локальные выравнивания, подтверждающие
справедливость ваших выводов

Часть3:
Подзаголовок - "Влияние параметров на глобальное выравнивание". Из
задания ?3 выберите два наиболее различающихся выравнивания, для
которых:
. приведите параметры, при которых выравнивания были построены
. приведите сами выравнивания
. опишите суть отличий и как это связано с соответствующими
параметрами

Страница blastp.html

Заголовок страницы - "BLAST - инструмент для быстрого поиска
последовательностей в банках данных по гомологии". Укажите название
программы, с которой вы работали (blastp) и приведите html ссылку на
входную страницу этой программы (на сервере NCBI).

Страница должна состоять из двух частей: первая часть - поиск своего белка
по короткому фрагменту, вторая часть -"является ли BLAST инструментом для
поиска ортологов?".

Часть1:
Подзаголовок - "Поиск белка XXX по фрагменту его аминокислотной
последовательности" (XXX - название вашего белка). Укажите, по какому
банку данных производился поиск. Для двух фрагментов длиной 30 и 10
аминокислот приведите значения следующих величин, отвечающих вашему
белку при поиске с помощью blastp (результат выполнения задания ?1
занятия ?21):
. Порядковый номер хита
. Процент совпадающих остатков в выравнивании
. Вес выравнивания
. E-value
Поясните причины отличий или сходства значений данных величин при
поиске по этим фрагментам.

Часть2:
Подзаголовок - "Является ли BLAST инструментом для поиска ортологов?"
(результат выполнения задания ?3 занятия ?21).
Ответьте на этот вопрос на примере поиска по последовательности
репрессора рибозного оперона RbsR из Bacillus subtilis.










Несколько советов, которые помогут вам хорошо оформить страницы, и привести
правильные данные:
(во многом после предварительной проверки результатов вашей работы на
занятиях ?20 и ?21)


Оформление:

При создании страницы HTML иногда нужно чтобы отображались несколько подряд
идущих пробелов. Например, такая необходимость может возникнуть, если вы
хотите изобразить выравнивание (результат выдачи программы needle целиком,
с указанием координат и т.д.). По умолчанию подряд идущие пробелы будут
"схлопываются" в один и все форматирование будет потеряно. Чтобы избежать
этого, можно воспользоваться тегом 
.

Пример:


Здесь           может  быть      текст c разным     количеством

пробелов




Чтобы выравнивание на HTML странице выглядело красиво, нужно чтобы все

символы были одинаковой ширины. Чтобы этого добиться, нужно использовать

соответствующий шрифт, например, Courier New, Courier или mono.

Пример:

Текст, у которого ширина символов

одинакова



Занятие ?20:



1. В результате построения матрицы переходов для локального выравнивания вы

должны обнаружить два независимых локальных выравнивания. Одно из них

является оптимальным (обладает наибольшим весом), а другое -

субоптимальным.



2. При восстановлении оптимального пути на матрице переходов у некоторых

есть ошибки. Будьте внимательны!



3. Правильно определить координаты кусочков, из которых была составлена

последовательность из файла file3.txt, можно при совместном рассмотрении

двух наилучших локальных выравниваний (результат работы программы matcher).





Занятие ?21:



1. Если в первом задании для участка вашей последовательности длиной 10 вам

не удалось ничего найти, то увеличьте порог E-value (большинство

догадалось!).



2. Встречаются ошибки в значениях E-value для пункта  e) из задания 2.

Будьте внимательны, ведь от этого зависят выводы, которые вы делаете.



3. Для того чтобы правильно ответить на вопрос задания ?3, напоминаю

определение ортологов: "ортологи - последовательности, возникшие из одного

общего предка в результате процесса видообразования. Ортологи, как правило,

имеют одну общую функцию." (см. презентацию к занятию ?16).