Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/zachet2b.doc Дата изменения: Fri May 21 22:25:39 2004 Дата индексирования: Mon Oct 1 21:54:26 2012 Кодировка: koi8-r

Вопрос ?2 (максимальный балл - 5 баллов, удовлетворительный балл - 3 балла)


1. Пептидная связь, свойства. Нарисовать аланиновый трипептид. Описать
геометрию пептидного звена и показать, какие углы называются двугранными
углами фи и пси.
Рекомендуем: А.В.Финкельштейн «Физика белка», лекция
1

http://bmbiris.bmb.uga.edu/wampler/tutorial/prot1.html
а также дополнительно:

http://www.expasy.org/swissmod/course/text/chapter1.htm

http://falcon.sbuniv.edu/~ggray.wh.bol/CHE3364/b1c2out.html
2. Что такое карта Рамачандрана? Нарисуйте карту для
среднестатистического белка. Объясните, почему на ней есть пустые
зоны, отметьте области основных структурных мотивов.
Рекомендуем:
http://bmbiris.bmb.uga.edu/wampler/tutorial/prot2.html
а также дополнительно:
http://www.expasy.org/swissmod/course/text/chapter1.htm
3. Что называют первичной и вторичной структурой белка? Какие химические
взаимодействия обеспечивают первичную структуру? Что является
характеристическим признаком регулярных вторичных структур (с примерами)?
Приведите примеры нерегулярной вторичной структуры (не менее 2-х)
. Рекомендуем:
http://bmbiris.bmb.uga.edu/wampler/tutorial/prot2.html#top
4. Что называют третичной и четвертичной структурой белка? Какие химические
взаимодействия их поддерживают?
Рекомендуем:
http://bmbiris.bmb.uga.edu/wampler/tutorial/prot3.html

http://bmbiris.bmb.uga.edu/wampler/tutorial/prot4.html
а также дополнительно:
http://www.expasy.org/swissmod/course/text/chapter4.htm
5. Гомологи, признаки гомологии. Сходство последовательностей, единицы
измерения сходства, сравните сходство и гомологию. Ортологи и паралоги
(дать определения, пояснив их с помощью филогенетического дерева).
Рекомендуем: см. презентацию к занятию ? 16
6. Какие точечные мутации бывают в ДНК? Используя таблицу генетического
кода рассмотреть все варианты последствий точечных мутаций.
7. Что называют доменом? Какие генетические механизмы приводят к изменению
доменной структуры белка? Приведите примеры разных перестроек доменной
структуры.
Рекомендуем: см. презентацию к занятию ? 16
8. Матрицы замен аминокислотных остатков, их предназначение. PAM и BLOSUM,
их различия и правильное использование.
Рекомендуем: 1) см. презентацию к занятию ? 17;
2) при описании
различий сравните данные, на которых они
построены,
общая идея алгоритма построения, способы
порождения
серии;
3) при описании использования расскажите, какие
матрицы из
каждой серии наиболее пригодны для работы с
близкими
последовательностями, с очень далекими
гомологами, в начале
работы, когда ситуация неясна (по умолчанию).

4) см. PAM and
BLOSUM Matrices;
9. Глобальное выравнивание. В чем состоит биологическая и математическая
задача построения глобального выравнивания? Алгоритм Нидельмана-Вунша:
для данного примера выравнивания построить матрицу переходов. Определить
оптимальный путь и его вес.
Штраф за делецию=-2, за замену=-1, цена совпадения=2.
Рекомендуем: 1) см. Алгоритм Нидельмана-Вунша
10. Локальное выравнивание. В чем состоит биологическая и математическая
задача построения локального выравнивания? Алгоритм Смита-Ватермана: для
данного примера выравнивания
построить матрицу переходов. Определить оптимальный путь и его вес.
Штраф за делецию=-2, за замену=-1, цена совпадения=2.
Рекомендуем: 1) см. Алгоритм Смита-Ватермана
11. Перечислите типы выравниваний аминокислотных последовательностей.
Опишите параметры, которые используются при построении выравниваний, и их
влияние на результирующее выравнивание.
Рекомендуем:1) cм. презентацию к занятию ? 16;
2) рассмотрите эффект использования разных матриц а.к.
замен, а также разных способов штрафования за
делеции: линейные и афинные штрафы.
12. BLAST. Для решения каких задач предназначен BLASTP? Какую основную
проблему решает BLASTP и за счет чего? В чем состоят три основных этапа
работы BLASTP. Что такое E-value?
Рекомендуем:1) cм. BLASTP
13. PSI-BLAST. Для решения каких задач предназначен PSI-BLAST? Какие
проблемы решает PSI-BLAST и за счет чего? Опишите последовательность
событий при выполнении трех последовательных итераций.
Рекомендуем:1) cм.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/psi1.html
14. CLUSTALW. Для решения каких задач предназначен CLUSTALW? В чем состоят
три основных этапа работы CLUSTALW? Перечислите основные типы колонок
множественного выравнивания.
Рекомендуем:1) http://www-igbmc.u-
strasbg.fr/BioInfo/ClustalW/help2.html (первый раздел страницы)
15. Основные банки данных о белках - UniProt , SWISS-Prot, TrEMBL, PDB.
Какого рода информацию можно в них найти? Чем отличаются SWISS-Prot,
TrEMBL, UniProt?
Рекомендуем:
1. см. презентацию к занятию ? 14;
2. при рассказе следует пояснить смысл след. терминов :
аннотированная
БД, избыточная/неизбыточная, курируемая,
автоматически генерируемая,
интегрированная БД;
3. как можно подробнее рассказать о структуре и
содержании документа
SWISS-Prot;
4. при подготовке имеет смысл внимательно рассмотреть
любой документ SWISS-Prot и PDB.
16. Производные базы данных о белках - PROSITE, Pfam, InterPro, ProDom.
Рекомендуем: в рассказе следует ответить на
вопросы:
1. что такое банк данных , а что такое производная база
данных?
2. что такое избыточная и неизбыточная база данных?
3. что такое курируемая БД, а что такое автоматически
генерируемая БД?
4. что такое интегрированная БД?
В каждом случае привести конкретный пример белковой БД.
Рассказать, для каких задач удобно использовать
PROSITE, Pfam, InterPro

17. Паттерн. Профиль. Мотив. Что это такое? Для выданного фрагмента
выравнивания построить паттерн и профиль-PSSM и описать различия.
Рекомендуем: см. презентацию к занятию 25
18. Филогенетические деревья: нарисовать 2 бинарных дерева -
ультраметрическое и аддитивное. Общая идея алгоритма UPGMA.Свойства
дерева, построенного по данному алгоритму.
Рекомендуем: см. презентацию к занятию 27
19. Филогенетические деревья: нарисовать 2 бинарных дерева - бескорневое и
укорененное,
отметьте вершины, внутренние узлы и корень. Общая идея алгоритма
ближайших соседей. Свойства дерева, построенного по данному алгоритму.
Рекомендуем: см. презентацию к занятию 27