Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/term3/task3.doc Дата изменения: Tue Sep 21 16:26:34 2004 Дата индексирования: Tue Oct 2 00:07:15 2012 Кодировка: koi8-r

Задание:


Основная цель задания - провести анализ шпильки РНК, участвующей в
метаболизме железа.

Зайдите в свою домашнюю директорию и создайте директорию Term3, а в ней
создайте поддиректорию Practice3.
Скопируйте в рабочую директорию с диска Р файл 1aqo.pdb.

Создайте файл analisys.doc, в который вы будете заносить результаты Вашего
анализа.



1) На основании третичной структуры (файл 1aqo.pdb) определите:

а) это РНК или ДНК

б) спиральные участки в структуре (укажите диапазон в
последовательности), найдите петли и выпетливания (укажите диапазон или
номера в последовательности);
Пример:
|Элемент |Диапазон |
|Спираль 1 |1-5, 16-20 |
|Петля 1 |7-10 |
|Выпетливание 1 |12 |

На основании полученных данных постройте вторичную структуру РНК (в Word)
Пример
| |


U U
U U
G--C
| A
G--C
5' 3'

в) какая из стандартных форм ДНК сравнима с анализируемой структурой
(приведите объяснения)

2) Программа einverted из пакета emboss позволяет найти инвертированные
повторы в последовательности НК. Найдите и внесите в протокол все
инвертированные повторы. Сравните результаты с найденными Вами в
структуре спиралями, результаты сравнения прокомментируйте.


3) С помощью программы mfold предскажите вторичную структуру исходя из
последовательности исследуемой РНК. Сравните предсказание с найденными
ранее спиралями в структуре и инвертированными повторами в
последовательности. Результаты сравнения опишите в протоколе.