Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/task_20.doc Дата изменения: Wed Mar 31 20:32:26 2004 Дата индексирования: Mon Oct 1 21:47:46 2012 Кодировка: koi8-r

Материалы к занятию 20

Задания

I. Построение матрицы переходов.
Цель задания - построение матрицы переходов глобального и локального
выравнивания.
Скопируйте в свою рабочую директорию (H:/../Practice20/) файлы:
P:/y03/TERM2/Practice20/matrix.xls, P:/y03/TERM2/Practice20/
NNN/global.txt, P:/y03/TERM2/Practice20/ NNN/local.txt , где NNN -
Accession Number Вашего белка. В Excel-документе matrix.xls на странице
"global" постройте матрицу переходов глобального выравнивания для
последовательностей из файла global.txt, а на странице "local" - матрицу
переходов локального выравнивания для последовательностей из файла
local.txt. Выделите оптимальный путь цветом. В файле matrix.txt опишите
свои наблюдения: вес выравниваний, свойства оптимального пути. Любые
дополнительные наблюдения приветствуются. Параметры для построения матрицы
переходов: вес совпадения = 2, вес замены = -1, штраф за делецию = -2.

II. Программы построения глобального и локального выравнивания.
Для выполнения задания подготовьте три файла с аминокислотными
последовательностями в FASTA формате:
file1.txt - аминокислотная последовательность вашего белка
file2.txt - вторая из дополнительных аминокислотных последовательностей
(которые вы искали на занятии по SRS и использовали при ручном выравнивании
и построении матрицы замен)
file3.txt - искусственно созданная последовательность из двух небольших
участков аминокислотной последовательности Вашего белка; скопируйте этот
файл из P:/y03/TERM2/Practice20/ NNN/file3.txt, где NNN - Accession Number
Вашего белка. Для работы с программами построения выравниваний, скопируйте
эти три файла в свою рабочую директорию на сервере pvm.belozrsky.msu.ru.

На сервере pvm.belozrsky.msu.ru:
1. Выравнивание последовательностей со схожей функцией (возможных
гомологов):
. Постройте глобальное выравнивание последовательностей из file1.txt и
file2.txt с помощью программы needle. Результат сохраните в файле
needle1.txt
. Постройте локальное выравнивание последовательностей из file1.txt и
file2.txt с помощью программы water. Результат сохраните в файле
water1.txt
Сравните полученные выравнивания и опишите ваши наблюдения в файле
description1.txt.
2. Выравнивание последовательностей содержащих участки гомологии:
. Постройте глобальное выравнивание последовательностей из file1.txt и
file3.txt с помощью программы needle. Результат сохраните в файле
needle2.txt
. Постройте локальное выравнивание последовательностей из file1.txt и
file3.txt с помощью программы water. Результат сохраните в файле
water2.txt
. Постройте локальное выравнивание последовательностей из file1.txt и
file3.txt с помощью программы matcher с выводом трех наилучших
вариантов. Результат сохраните в файле matcher2.txt
Сравните полученные выравнивания и опишите ваши наблюдения в файле
description2.txt. Определите координаты двух участков последовательности
вашего белка, из которых была составлена последовательность в файле
file3.txt.
3. Параметры программ построения выравниваний:
Постройте глобальные выравнивания последовательностей из file1.txt и
file3.txt с помощью программы needle при разном наборе параметров: матрица
замен M, штраф за открытие делеции GO (gap open), штраф за продолжение
делеции GE (gap extension). Файл результатов F.
. M = EBLOSUM62, GO = 10, GE = 1, F = needle62_10_1.txt
. M = EBLOSUM62, GO = 1, GE = 1, F = needle62_1_1.txt
. M = EBLOSUM80, GO = 1, GE = 1, F = needle80_1_1.txt
. M = EBLOSUM40, GO = 1, GE = 1, F = needle40_1_1.txt
Сравните полученные выравнивания и опишите ваши наблюдения в файле
description3.txt. Как полученные выравнивания зависят от параметров и
почему?


После завершения работы скопируйте все файлы с сервера pvm.belozrsky.msu.ru
на диск H в свою рабочую директорию (H:/../Practice20/).