Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_03/doc/task_25.doc Дата изменения: Thu May 6 15:45:06 2004 Дата индексирования: Mon Oct 1 21:48:06 2012 Кодировка: koi8-r

Материалы к занятию 25
Ключевые слова
Сайт (site), мотив (motif), домен(domain). Семейства и суперсемейства
белков.
Паттерн, профиль, скрытая марковская цепь (HMM), подпись(signature),
отпечаток пальцев (fingerprints). Кластер и кластеризация.
Производные базы данных. Интегрированные базы данных. Курируемая БД
(curated DB). Автоматически генерируемые базы данных. Запись или документ
(еntry, entrez).

PROSITE - http://kr.expasy.org/prosite/
PFAM - http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/index.shtml
InterPro - http://www.ebi.ac.uk/interpro/

Задания

1. Определите, какие известные мотивы есть в Вашей последовательности.
1. Для поиска известных мотивов в Вашей последовательности используйте
программу
ScanProsite в PROSITE.( Scan a protein for PROSITE matches).
Снимите галочку
«Исключить часто встречающиеся паттерны».

Результаты опишите по образцу в файле Prosite.doc


2 Выберите среди найденных паттернов один длиной примерно 10-20 позиций,
запишите его и соответствующий мотив в Вашей последовательности в файл
Prosite.doc. А затем


придумайте и запишите пример аминокислотной последовательности,
идеально


удовлетворяющей условиям данного паттерна, но не такой, как в
Вашей


последовательности.


2. Опишите доменную структуру Вашего белка по данным PFAM
2.1.Определите, какие домены есть в Вашем белке. Поиск в базе данных
PFAM ведите
по идентификатору SWISS-Prot Вашего белка. Опишите каждый из
доменов.
2.2. Создайте с помощью программы RasMol изображение 3D-
структуры Вашего белка в остовной
модели, при этом разные домены раскрасьте разным
цветом.
Образец отчета см. в файле PFAM.doc
3. Сравнение результатов исследования Вашей последовательности в п.1 и
п.2

Сравните количество и длину фрагментов, найденных в Prosite и в
PFAM, результаты Ваших наблюдений опишите в файле Compare.doc.




4. Работа с документом интегрированной базы данных InterPro.
На домашней страничке InterPro найдите кнопку «Sequence
Search», на открывшейся
страничке вставьте последовательность Вашего белка в формате FASTA
в соответствующее окно.
Проследите, чтобы галочки стояли против всех предлагаемых способов
поиска.

Среди найденных документов выберите первый в списке и откройте
его.
1. Определите, на основании каких подписей и из каких баз данных
создана эта запись в InterPro.
2. Определите, к какому числу белков и из каких таксонов относится
данная запись.
3. Определите имя и тип записи (что это, семейство, домен или сайт
или??).
4. Определите, есть ли у данной записи родственные записи (отношения
parent/child,
found in/contains)

Отчет о том, что Вы увидели в этом документе, оформляйте по
образцу в файле
InterPro.doc.