Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_02/term_6/block_5/Report_help.doc Дата изменения: Fri May 6 13:38:18 2005 Дата индексирования: Tue Oct 2 00:42:39 2012 Кодировка: koi8-r

Отчет должен содержать результаты и их обсуждение.

Результаты

Полученные вами графики, характеризующие траектории (1) изолированного
белка; (2) белка в комплексе с лигандом. А именно:
1. Изменение среднего квадратичного отклонения от исходной структуры во
времени
2. Флуктуации каждого атома - среднее квадратичное отклонение атома от
среднего положения
3. Изменение числа водородных связей между лигандом и белков во времени
4. Изменение поверхности белка/комплекса во времени с указанием
гидрфобной и гидофильной составляющих
5. Изменение потенциальной энергии и температуры системы во времени

В обсуждении результатов обратите внимание на следующие обстоятельства:

- Наступила ли релаксация структуры белка,комплекса (об этом
свидетельствует выход графика rmsd - п.1 - на плато)
- Подвижность петель белка и лиганда (о подвижности участка полипептидной
цепи свидетельствует большая флюктуация каждого из атомов этого участка -
п.2)
- Колебание числа водородных связей между белком и лигандом. Есть ли
тенденция к оптимизации комплекса, судя по водородным связям.
- Происходит ли оптимизация сольватации белка/комплекса, судя по
уменьшению гидрофобной поверхности.
- Является ли конформация белка/комплекса в кристалле оптимальной и для
того же белка,комплекса в растворе (об этом свидетельствует отсутствие
уменьшения потенциальной энергии во времени)
- Изменяется ли температура системы и что это значит
- Различия в динамике изолированного белка и комплекса
- Любые другие, замеченные вами, особенности динамики