Занятие 14: Контакты в структуре белка

• найти примеры разных взаимодействий между боковыми группами а.о. в заданной структуре;
  получить картинки, иллюстрируюшие выбранные контакты;
  см. часть I;
• описать контакты белка с лигандом;
  получить изображение контактов,
  написать скрипт для его воспроизведения, см. часть II;.

Создайте директорию Н:\Term1\Block3\Practices\Practice14, а в ней - файлы протокола, aacontacts.html и ligand.html. HTML-странички делайте на основе ранее созданного шаблона.

Примеры разных контактов в молекуле белка xxxx_Bacsu.

Пример гидрофобного контакта

Можно исследовать контакты остатков фенилаланина (или лейцина). Определите гидрофобные контакты боковых групп всех остатков фениаланинов, см. подсказки. Выберите остаток фениаланина с наибольшим числом гидрофобных контактов и создайте картинку, на которой
выбранный остаток фенилаланина представлен в шарнирной модели, в подписи указан ? остатка,
контактирующие с ним а.о представлены в проволочной модели, а их непосредственно контактирующие атомы в виде шариков среднего размера,
все атомы раскрашены по химическим элементам.

Примеры водородных связей между боковыми группами

По аналогичной схеме найдите два примера водородных связей между боковыми группами двух а.о.,
в первом примере и донором и акцептором водорода являются атомы кислорода,
во втором — и донором и акцептором являются атомы азота.
Создайте картинки, где оба а.о представлены в шарнирной модели, для каждого остатка указано его название и ?, а также показано расстояние между донором и акцептором.

Пример дисульфидного мостика

Откройте в RasMol файл со структурой инсулина (P:\y09\Term1\Practice14\1zni.ent).
С помощью команды ssbonds <толщина линии> получите изображение дисульфидных мостиков в инсулине.
Если все получилось, проверьте, нет ли дисульфидных мостиков в вашем белке. Если такие связи есть, создайте картинку, аналогичную уже созданным.

Описание контактов белка с лигандом.

Возможно, что в заданной структуре есть несколько малых молекул. Интереснее всего исследовать лиганд, имеющий отношение к функции белка.
При выборе лиганда посоветуйтесь с преподавателем!
Определите, какие атомы белка находятся на расстоянии не более, чем на 5.0 Å от атомов лиганда. Представьте такие атомы белка в виде небольших шариков с раскраской по химическим элементам. Выберите наиболее важные, на ваш взгляд, контакты, удерживающие лиганд в структуре. Опишите их в таблице следующего вида.
Таблица. Контакты <имя лиганда> с белком <имя белка>.



Имя атома контакта	Имя контактирующего атома белка	Расстояние в Å	Предположительная природа контакта
С8 3010 (С8 атом молекулы гипоксантина)	Leu105A.CG	4.25	Гидрофобное взаимодействие?


Создайте изображение, где лиганд представлен в виде толстой проволочной модели, а контактирующие с ними атомы белка - в шариковой модели и с подписями. В подписи укажите ? остатка и имя атома. Атомы нужно раскрасить по химическим элементам. Покажите самое маленькое (на ваш взгляд) расстояние между атомами лиганда и атомами белка.

Создайте скрипт ligand.spt, воспроизводяший такую картинку.

Будет отлично, если вы сделаете немного более сложную картинку: лиганд – в шарнирной модели, контактирующие атомы по-прежнему в шариковой, и в тонкой проволочной модели представлены аминокислотные остатки, к которым эти атомы относятся, подписаны названия остатков.