Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_08/term1/pr_8/Pr_8.doc Дата изменения: Fri Oct 24 09:20:34 2008 Дата индексирования: Tue Oct 2 00:08:06 2012 Кодировка: koi8-r

Блок 2. Excel и его применение для анализа биологических данных.

Практикум 7. Свойства аминокислотных остатков. Анализ последовательности
белка. Продолжение.
Знаком (*) отмечены те задания, которые не входят в обязательную часть
зачетного задания. Их можно не выполнять; но выполнение, конечно,
оценивается баллами, идущими в рейтинг.


1. Создайте сводную таблицу "aa_frequencies" частот остатков вашего
белка.
2. Определите процент гидрофобных остатков в вашем белке.
3. (*) Определите, на какие белки более похож ваш белок по
аминокислотному составу: на глобулярные или на трансмембранные?
4. (*) Найдите участки периодичности гидрофобных остатков.
. Период 2. Отметьте остатки в соответствии с условием: Если
i-й остаток гирофобен и (i +2)-й гидрофобен или (i -2)-й
гидрофобен, то отметить i-й знаком "+", иначе не отмечать.

Участок из трех или более отметок, идущих через 1, отметить
средствами Excel
. Период 3,5. Отметьте остатки в соответствии с условием: Если
i-й остаток гирофобен и (i+3)-й гидрофобен или (i+4)-й
гидрофобен или (i-3)-й гидрофобен, или (i-4)-й гидрофобен, то
отметить i-й знаком " +", иначе не отмечать.

Участок из 3-х или более отметок, идущих через 2-3 остатка,
причем если две отметки идут через 2, то следующие - через 3,
и наоборот, отметить средствами Excel.

Практикум 8. Статистика генов в геноме своей бактерии.

В файле Student_bacteria_07.xls для каждого студента указана бактерия,
полный геном которой расшифрован (секвенирован).


1. С сервера ftp.ebi.ac.uk скачайте таблицу со списком генов в полном
геноме "вашей" бактерии. Сохраните на странице "chromosom_table" в файле
XXXXXXX_Pr8.xls и отредактируйте страницу.

2. Рассчитайте длины (в числе аминокислотных остатков) последовательностей
всех белков вашей бактерии. Найдите длины всех межгенных промежутков.

3. На отдельной странице hist_protein_length постройте гистограмму длин
белков.

4. (*) Определите сколько генов закодировано на каждой из цепей ДНК.
Проверьте с помощью простейшего статистического критерия, соответствует ли
распределение генов по цепям ДНК ожидаемому при гипотезе о случайном
распределении генов по цепям.

5. (**) Проанализируйте случаи перекрытия генов, если таковые обнаружатся в
вашем геноме ( (имеется в виду геном вашей бактерии). Какой процент генов
имеет перекрытия с соседями? Как распределены случаи перекрытия по взаимной
ориентации генов: "голова-к-голове" (F-R), "хвост-к-хвосту" (R-F), "друг
за другом" (F-F или R-R)? Как распределены случаи перекрытия по сдвигу
рамки считывания, т.е. совпадают ли кодоны в одном гене с кодонами в другом
на участке перекрытия?