Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.su/FBB/year_07/term3/help10.html
Дата изменения: Tue Nov 3 13:33:10 2009 Дата индексирования: Mon Oct 1 22:04:32 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Используйте подсказки к занятиям 6-9.
Чем больше вы успеете к концу занятия, тем выше будет оценка. Но не надо торопиться за счет снижения качества!
seqret sw:*_ABCDEвытащит из банка Swiss-Prot и поместит в указанный Вами файл последовательности всех белков, имеющих ID, заканчивающееся на ABCDE. Поскольку кишечная палочка - хорошо изученный организм, практически весь ее протеом помещен в Swiss-Prot. Вспомните, как устроены ID записей Swiss-Prot, описывающих белки штамма K12 кишечной палочки!
Если на вход программе seqret дать последовательность в любом формате (в том числе в формате EMBL), на выход она (по умолчанию) выдаст ту же последовательность в fasta-формате.
getorf -helpи изучите, что означают значения, которые можно придавать параметрам find, table и minsize.
Кстати, если вам приятнее не сразу задавать значения
параметров в командной строке, а отвечать на вопросы программы,
можно запустить getorf с опцией