Содержание и формат отчета "Исследование структуры тРНК"

Краткое описание структуры в файле XXXX.pdb

В файле приведены координаты атомов следующих молекул (указать организм, привести названия всех молекул, указать их количество).
Для исследования была выбрана цепь ____, представляющая _______________тРНК со следующей последовательностью:


образец [901] 5' - U C C DHU A.....A - 3' [970],

где 901 и 970 - номера первого и последнего нуклеотида.
Отметить, есть ли в последовательности на 3'-конце триплет CCA, к которому присоединяется аминокислота. И приведены ли координаты его атомов.

Исследование вторичной структуры

С помощью программы find_pair пакета 3DNA были определены возможные водородные связи между азотистыми основаниями (ссылка на выходной файл). В соответствии с полученными данными
акцепторный стебель состоит из участка 201-206 и комплементарного ему участка 265-270.
Т-стебель....................
D-стебель..........................
антикодоновый стебель.............................


Создайте скрипт для получения в RasMol изображения остова исследуемой тРНК, где акцепторный стебель выделен красным, Т-стебель - зеленым, D-стебель - синим, антикодоновый - оранжевым. Картинку в формате gif и текст скрипта вставьте в таблицу

Рис.1. Вторичная структура _________тРНК из_____________

Скрипт для получения изображения

Структуру стеблевых дуплексов поддерживают _(число)_ канонических и _(число)_ неканонических пар оснований.
Если обнаружены такие неканонические пары, то приведите картинку одной из них.

Желательно отметить также
а)наличие или отсутствие вариабельной петли (?? нуклеотидов);
а)наличие или отсутствие остатка тимидина в Т-петле (? нуклеотида);
а)наличие или отсутствие дигидроуридинов в D-петле (?? нуклеотидов);


*Дополнительное задание. Попробуйте найти антикодон в антикодоновой петле. На рис.1 покажите эти нуклеотиды в шарнирной модели.

Исследование третичной структуры

1. Исследуйте возможность стекинг-взаимодействия между основаниями конца акцепторно стебля и начала Т-стебля (и/или между антикодоновым и D-стеблем). Приведите данные в пользу стекинг-взаимодействия и картинку, иллюстрирующую наложение оснований (см. задание 7, упр.3).
2. Есть ли дополнительные водородные связи между основаниями D- и Т-петель? Если есть, то укажите номера нуклеотидов в структуре, количество канонических и неканонических пар, приведите картинку, иллюстрирующую водородные связи в какой-либо из таких пар, на картинке приведите только основания и их номера.

Предсказание вторичной структуры тРНК

Приведите результаты выполнения задания 9: таблицу, рисунок, полученный с помощью mfold, не забудьте привести параметры использованных программ, а также краткие выводы. Желательно описать процедуру подбора параметров.