Материалы к занятию 10

Задания

Заведите директорию Practice10; файлы с результатами выполнения заданий должны появиться в ней. Заведите файл протокола, протокол начните с даты и названия занятия.
Не забывайте указывать пункты задания и писать минимальные пояснения к сделанному.

1. а) В таблице найдите против своего имени код банка PDB. Из архива P:\y07\Term1\Practices\Pr_10\PDB.ZIP скопируйте в свою рабочую директорию файл, соответствующий коду (pdb0xxx.ent для кода 0XXX).

   б) Откройте файл редактором Far. Скопируйте в протокол содержимое полей HEADER и TITLE. Поясните, какую именно информацию, по вашему мнению, содержат эти поля.

   в) Сравните содержимое поля COMPND с описанием своего белка, выводы опишите в протоколе.

   г) Проанализируйте поле SEQRES. Найдите соответствие между приведенной там информацией и последовательностью своего белка. Опишите свои выводы и наблюдения в протоколе.

   д) В полях HET, HETNAM и FORMUL содержится описание лигандов, имеющихся в структуре. Проанализируйте эти поля и занесите в протокол информацию, которую Вы из них сумели почерпнуть. Примечание: важной для работы с файлом информацией является трехбуквенное обозначение лиганда.

2. Вынесите на «Рабочий стол» своего компьютера иконку программы RasMol (см. подсказку). Запустите RasMol и откройте в нем ваш PDB-файл (File → Open → …). Поводите по графическому окну мышью вверх-вниз и вправо-влево, удерживая сначала левую, затем правую кнопку, затем удерживая одновременно клавишу <Shift> и одну из кнопок. Опишите в протоколе, что происходит в графическом окне при каждом из действий.

3. Изучите работу кнопки "Display" графического окна.
   Полюбопытствуйте, что на экране у товарищей! Это может быть очень поучительно.

4. При запуске программы RasMol, кроме графического, открывается командное окно. Попробуйте выполнить простейшие команды:

           wireframe off
           backbone
           backbone off
           spacefill
           spacefill off
           cpk
           cpk off
           wireframe

   Каждый раз смотрите, что происходит с изображением в графическом окне.
   Щелкните левой кнопкой мыши по изображению какого-нибудь атома в графическом окне — в командном окне должно появиться описание этого атома.

5. Оставьте в графическом окне изображение какой-нибудь одной цепи белка в остовной модели.
   Для этого: выясните идентификатор цепи (после слова “Chain” в описании атома, возинкающем в командном окне после щелчка; если такого слова нет, значит, цепь единственная и идентификатора не имеет). Выполните команду:
   

      restrict *x

   вместо x подставьте идентификатор цепи; если цепь единственная, то эта команда не нужна. Затем, пользуясь меню Display или командами из предыдущего пункта, создайте изображение остовной модели.

   Подберите достаточно наглядное и эстетичное расположение картинки в окне и сохраните изображение в графический файл формата GIF с подходящим названием (в меню графического окна Export → GIF).

6. (домашнее задание) Создайте файл description_0XXX.doc (вместо «0XXX» – код вашей структуры), в котором опишите молекулы, структуры которых описаны в документе PDB. Для этого скопируйте шаблон описания документа PDB и заполните его.