Cеместр 4: Функции.
Эволюция
|
Блок 1. Гены и сайты |
|
1. |
|
|
|
|
2. |
|
|
|
|
3. |
|
|
|
|
4. |
|
|
|
Блок 2. Функции генов
и их продуктов |
|
5. (27 февраля,
1 марта 2006) |
|
|
Функции. Онтологии. (АБР+САС)
Студенты знакомятся с еще одним классом бионформатических ресурсов,
с БД и энциклопедиями, в которых можно найти подробное описание
функций. Преподаватели рассказывают о проблеме формализации описания
функций и существующих подходах к созданию общего языка. Студенты
знакомятся с Gene Ontology и оценивают качество аннотации заданных
им групп белков в SWISS-Prot.
[задания]
[материалы]
[презентация]
|
|
6. (6 марта) |
|
|
Функции. Классификация. (АБР+САС)
Преподаватели убеждают студентов в том, что хорошая классификация
функций нужна и знакомят их с самыми известными схемами. Студенты
знакомятся с классификацией ферментов и сравнивают белки с одним кодом,
но из далеких организмов.
[задания]
[материалы]
[презентация]
|
|
|
|
|
|
Объявление: |
|
|
Предельный срок сдачи отчетов за занятия
5 и 6 назначен
на 20.00 14 марта. Формат отчета 2 HTML-странички. |
|
|
|
7. (13 и 15
марта) |
|
|
Функции. KEGG.
(АБР+САС)
Преподаватели рассказывают об энциклопедии KEGG, а студенты учатся
читать метаболические пути.
[задания]
[материалы
к упражн.1 и 2] [материалы
к упражн. 3] [формат
отчета] |
|
|
|
|
8. (20 и 22
марта) |
|
|
Функции. Мембранные белки.
(АБР+АВА)
Преподаватели рассказывают о биоинформатических ресурсах для работы
с мембранными белками, студенты предсказывают трансмембранные сегменты
в заданных им последовательностях и сравнивают предсказания с 3D-структурой
белка-прототипа.
[задания]
[материалы к
упражн.] [подсказки]
[формат отчета]
|
|
|
|
|
|
Объявление: |
|
|
Предельный срок сдачи отчетов за занятия
7 и 8 назначен
на 12.00 27 марта. Формат отчета 2 HTML-странички. |
|
|
|
|
9. (27 и 29
марта) |
|
|
Разбор филогенетического
дерева (АБР+АВА)
Преподаватели задают семейство белков и таксоны, студенты реконструируют
филогенетическое дерево по последовательностям белков, сравнивают
его с таксономическим деревом и пытаются найти ортологов и паралогов.
[задания]
[материалы к
упражн.] [формат
отчета] |
|
|
|
|
|
Объявление: |
|
|
Предельный срок сдачи отчетов за занятие
?9 назначен
на 12.00 3 и 5 апреля. |
|
|
|
|
|
|