Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~svit/term4/Trees_ad.htm
Дата изменения: Sat Mar 10 23:03:30 2007 Дата индексирования: Tue Oct 2 07:28:49 2012 Кодировка: Windows-1251 |
На страницу IV-ого семестра
fseqboot al_mut.fasta -test j -autoМетодом максимального правдоподобия восстановили 100 филогенетических деревьев, по одному для каждой реплики.
fdnaml al_mut.fseqboot -ttratio 1 -autoДалее восстановили консенсусное филогенетическое дерево.
fconsense al_mut.treefile -autoПолученное консенсусное дерево по топологии ничем не отличается от бутстреп дерева.
Бутстреп | Jackknife |
+---------------------------mut C | | +--------------------mut D | | +------| +------mut A | +-99.0-| | | +------mut B +-90.0-| | +------mut E +-99.0-| +------mut F |
+------mut F +100.0-| | +------mut E +100.0-| | | +------mut A +------| +100.0-| | | +------mut B | | | +--------------------mut C | +---------------------------mut D |
Для этих деревьев различается только частота встречаемости ветвей. При jackknife-анализе вообще все 100 деревьев получились одинаковыми. Ветвей не включенных в консенсусное дерево не было. Ввиду того, что деревья получились почти одинаковыми, невозможно судить о том какой метод статистического анализа более эффективен. Можно лишь сказать, что при jackknife-анализе было восстановлено истинное дерево. Полный отчет программы fconsense можно посмотреть в файле al_mut.fconsense.
. | Показать то же дерево |
= | Показать то же дерево без (с) длинной ветвей |
U | Отменить последнее действие |
W | Записать дерево в файл |
+ | Читать следующее дерево из файла |
R | Трансформировать дерево перемещением узла или группы |
O | Выбрать внещнюю группу дерева |
M | Укоренить дерево в среднюю точку |
T | переместить ближайшие ветви в узел |
F | Вращать поддерево в узле |
D | Удалить (восстановить) узел |
B | Изменить (установить) длинну ветви |
Т | Изменить (установить) имя листа |
H | Передвинуть окно влево |
J | Передвинуть окно вниз |
K | Передвинуть окно вверх |
L | Передвинуть окно вправо |
С | Показать только одну кладу (поддерево) (полезно для больших деревьев) |
? | Помощь |
Q | Выйти из программы |
X | Выйти из программы |
Для переукоренения дерева в среднюю точку воспольземся функцией M. Полученное дерево выглядит следующим образом:
,---------------------------------------------------------------1:A ,---------8 ! `---------------------------------------------------------------2:B ! --7 ,----------------------------3:C ! ,---------10 ! ! `----------------------------4:D `-----------------------------9 ! ,---------------------5:E `--------------------11 `---------------------6:F
fdrawgram my.tree my.ps -style p
fdnamlk -ttratio 1 -hypstate al_mut.fastaПараметр отношения транзиций/трансверсий (ttratio) выбран 1, потому что при мутациях мы тоже ставили 1. Кроме того, программе желательно подать на вход скобочную структуру филогенетического дерева. Результаты работы программа выдает в файл al_mut.fdnamlk. В этом файле содержится выравнивание всех предковых последовательностей, находящихся в узлах филогенетического дерева. Выравнивание истиной предковой последовательности (A11530) с последовательность, полученной программой fdnamlk (ancestor), получено с помощью программы emma, а затем редактировано в GenDoc (выравнивание). Совпадений в выравнивании 61%. Процент совпадений достаточно высокий, тем не менее нельзя сказать, что программа идеально восстановила предковую последовательность.