Паттерны, профили, домены.

Описание свойств глицеропорина в производных базах данных.

Prosite - база данных, содержащая информацию о семействах белков и доменах, сайтах, профилях и патернах. Она позволяет идентифицировать по аминокислотной последовательности с достаточной степени точности, к какому из известных на данный момент семейств белков относится изучаемый или вновь открытый.

На данный момент содержит 1713 разичных патернов, правил и профилей/матриц.

В базе данных Prosite было необходимо найти известные мотивов белке глиропорине (GlpF), используя программу ScanProsite ( Scan a protein for PROSITE matches).

Pfam - база данных, содержащая коллекцию множественных выравниваний многих распространненых белковых доменов и семейств. Для каждого семейства представлены: множественное выравнивание, доменная структура, представленность в различных таксонах.

Состоит из двух частей: PfamA - курируемая часть, PfamB - большое число маленьких семейств из автоматически сгенерированной базы доменов ProDom, не вошедших в PfamA.

С помощью данной базы данных нужно было определить доменную структуру в глицеропорине.

Интегрированная база данных InterPro объединяет SMART, TIGRFAMs, PIR SuperFamily и другие базы даных, содержит коллекцию доменов, функциональных сайтов и информацию о белковых семейств.

Благодаря InterPro необходимо было выяснить, какая запись существует о белке глицоропорин в данной базе данных, на она основании каких подписей и из каких баз данных создана, ее родственные записи, имя и тип, к какому числу белков и из каких таксонов она относится.