Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~sudakov/term1/text/ramachandran.html
Дата изменения: Wed Mar 10 03:48:28 2010
Дата индексирования: Thu Apr 8 13:43:14 2010
Кодировка: Windows-1251
карта Рамачандрана На страницу первого семестра

карта Рамачандрана


Таблица. Измерение торсионных углов φ, ψ, ω у десятого аминокислотного остатка заданного вам белка

Название
двухгранного
угла
Угол определяется по координатам атомов
(обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol,
в скобках - название атома)
Данный угол описывает
поворот вокруг связи
Результат измерения
с помощью RasMol
ψ
  1. CYS10A.N (атом азота 10-го остатка цепи B)
  2. CYS10A.СA (атом альфа-углерода 10-го остатка цепи А)
  3. CYS10A.C (атом углерода 10-го остатка цепи А)
  4. THR11A.N (атом азота 11-го остатка цепи А)
C &alpha (10) - C(10)
103.75
φ
  1. SER9A.С (атом углерода 9-го остатка цепи А)
  2. CYS10A.N (атом атом азота 10-го остатка цепи А)
  3. CYS10A.CA (атом альфа-углерода 10-го остатка цепи А)
  4. CYS10A.C (атом углерода 10-го остатка цепи А)
N (10) - C(10)
-123.96
ω
  1. CYS10A.CA(атом альфа- углерода 10-го остатка цепи a )
  2. CYS10A.С(атом углерода 10-го остатка цепи а)
  3. THR11A.n(атом азота 11-го остатка цепи а)
  4. THR11A.CA(атом альфа-углерода 11-го остатка цепи а)
 C (10) - N (11)
-179.55

Изображение, иллюстрирующее определение угла φ

Карты Рамачандрана для множеств аминокислотных остатков
  1. Все остатки заданного белка;

    Большинство аминокислотных остатков имеют значения торсионных углов: phi - от -150 до -50 и psi - от -50 до 160.
  2. Все остатки пролина заданного белка;

    6 остатков пролина имеют значения торсионных углов: phi-от -85 до -45, psi- от 140 до 170, и один - (~58,-20) Торсионные углы пролина принимают значения, ограниченные в некотором промежутке. Можно также заметить, что угол Phi принимает только отрицательные значения. Это может быть связано с тем, что молекула пролина имеет циклическую структуру и поэтому вращение вокруг связей почти не осуществляется.

  3. Все остатки глицина заданного белка;

    6 остатков глицина имеют значения (phi,psi): (-175,25), (-75,160), (-60,10), (100,155), (75,10), (175,80)
    Торсионные углы глицина принимают самые различные значения потаму, что глицин имеет самую малую боковую группу.
  4. Все остатки в альфа-спиралях;
    Большинство остатков имеет значения: phi - от -100 до -50; psi - от -50 до 0 и от 145 до 175

  5. остатки в бета-листах.

    phi от -170 до -60; psi от 110 до 170

© Судаков Роман Владимирович, 2009;