Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~student08fbb/t6/pr1.html
Дата изменения: Wed May 25 16:23:59 2011
Дата индексирования: Tue Oct 2 08:19:18 2012
Кодировка: Windows-1251
Учебный сайт Шиндяпиной А.В.
Освоение возможностей PyMol как пакета для моделирования
1. Первым заданием было внести мутацию в белок с PDB кодом 1LMP так, чтобы он не смог взаимодействовать с лигандом. Данная страуктура
предсталяет собой взаимодействие фермента (лизоцим c-типа) и трех олигосахаридов из полимера, содеращего чередующиеся звенья
N-ацитилглюкозамина и N-ацетилмурамовой кислоты.
Черным показаны олигосахариды.
Взаимодействие фермент-лиганд стабилизирует достаточно большое количество водородных связей. Я решила ввести мутацию в
АК остаток одного из таких взаимодействий - ASP101(ниже изображение взаимодействия немутированного остатка с лигандом).
C помощью команд Wizard -> Mutagenesis ввела мутацию в выбранный остаток ASP101 так, что водородная связь меду этим
остатком и лигандом исчезла:
- Чтобы сделать валентинку из последовательности остатков ALA, в MENU -> Buid в режиме editing использовала Ctrl+RightClick для выбора связи, Ctrl+LeftClick для вращения.
