Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~student08fbb/t6/pr6.html
Дата изменения: Thu May 26 18:03:23 2011
Дата индексирования: Tue Oct 2 08:19:37 2012
Кодировка: Windows-1251
T в GROMACS

Учебный сайт Шиндяпиной А.В.

Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS



1. Создала индекс файл с одной молекулой этана:
make_ndx -f box_38.gro -o 1.ndx Далее создала gro файл с одной молекулой, задала ячейку и расположила молекулу по центру: 
 
editconf -f box_38.gro -o et1.gro -n 1.ndx
editconf -f et1.gro -o et.gro -d 2 -c
В файле et.top из предыдущего задания в разделе [ molecules ] изменила количество молекул на 1. 2. С помощью скрипта были построены входные файлы для молекулярно-динамического движка mdrun с помощью grompp. Эти файлы (.tpr) были поданы на вход mdrun и для каждой из 5 систем провела конверцию в pdb файлы для визуального анализа: 
Были даны 5 файлов с разными параметрами контроля температуры:
be.mdp - метод Берендсена для контроля температуры.
vr.mdp - метод "Velocity rescale" для контроля температуры.
nh.mdp - метод Нуза-Хувера для контроля температуры.
an.mdp - метод Андерсена для контроля температуры.
sd.mdp - метод стохастической молекулярной динамики.
В соотетствующем порядке расположены графики.






красным - потенциальная энергия связей, зеленым - кинетическая энергия Если просмотреть ролики в PyMol be.pdb | vr.pdb | nh.pdb | an.pdb | sd.pdb , видно, что: 
1. Метод Берендсена: в молекуле сначала происходят колебания по связям и небольшие вращения, но потом молекула "разгоняется", вращаясь и почти не
колеблится, как будто при переходе из одной фазы в другую.
2. Метод "Velocity rescale": молекула совершает небольшие колебательные и вращательные движения. Похож на следующий метод, но мне показался более 
правдоподобным, т.к. по всем связям происходит колебание или вращение.
3. Метод Нуза-Хувера: CC связь остается статичной все время, изменяются только CH связи, что смотрится странно, т.к. вряд ли 
такое движение, с замороженной одной связью (причем одинарной), характерно для реальных молекул. 
4. Метод Андерсона: молекула движется как в кристалле, с очень маленькими амплитудами.
5. Mетод стохастической молекулярной динамики: как и отражено в названии, молекула стахостически двиется в пространстве, 
при этом происходят колебания и вращения по связям, похоже на движение молекул в газе, жидкости.


3. Так же на выходе получила изображение с графиками распределения длин связи. Учитывая форму распределения Больцмана и полученные ролики, наиболее реалистичными оказались методы "Velocity rescale" и метод стохастической молекулярной динамики.
Их графики распределения длин связей (VR и SD соответственно):



©, "ООО Шиндяпина 2008"