Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~student08fbb/t5/str.html
Дата изменения: Fri Dec 24 11:34:17 2010 Дата индексирования: Tue Oct 2 08:16:41 2012 Кодировка: Windows-1251 |
No. of residues %-tage ------ ------ Most favoured regions [A,B,L] 69 92.0% Additional allowed regions [a,b,l,p] 6 8.0% Generously allowed regions [~a,~b,~l,~p] 0 0.0% Disallowed regions [XX] 0 0.0% ---- ------ Non-glycine and non-proline residues 75 100.0% End-residues (excl. Gly and Pro) 2 Glycine residues 6 Proline residues 2
From PDB header After full optimisation R 0.1820 0.1681 R-free 0.2340 0.2085 σR-free 0.0047 R-free Z-score -2.30 WHAT_CHECK validation Original PDB entry Fully optimised 1st generation packing quality1 0.725 0.922 2nd generation packing quality1 -1.371 -0.848 Ramachandran plot appearance1 1.566 1.640 Chi-1/Chi-2 rotamer normality1 -2.431 -0.220 Backbone conformation1 0.715 0.709 Bond length RMS Z-score2 0.867 0.687 Bond angle RMS Z-score 1.635 0.772 Total number of bumps3 0 2 Unsatisfied H-bond donors/acceptors 4 1Видно, что после оптимизации структура должна лучше вписываться в электронную плотность: уменьшилось значение R-фактора, R-free-фактора, Z-score, количество потенциальных доноров/акцепторов водородных связей.