Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~student08fbb/t5/str.html
Дата изменения: Fri Dec 24 11:34:17 2010
Дата индексирования: Tue Oct 2 08:16:41 2012
Кодировка: Windows-1251
Качество структуры

Учебный сайт Шиндяпиной А.В.

Качество структуры: PROCHECK, EDS, PDB_REDO

PROCHECK

Данный сервис позволяет оценить качество структуры с помощью карт Рамачандрана, т.е. по количеству остатков, попадаюих в "разрешенные" области. Для моего белка следуюая картина:



Видно, что лишь несколько остатков наодятся вне "разрешенных" областей. И все они или глицин, или пролин, для которых в принципе характерны совсем иные значения углов, чем для остальных ак. 
                                   No. of
                                        residues     %-tage
                                         ------      ------
Most favoured regions      [A,B,L]           69       92.0%          
Additional allowed regions [a,b,l,p]          6        8.0%          
Generously allowed regions [~a,~b,~l,~p]      0        0.0%          
Disallowed regions         [XX]               0        0.0%          
                                           ----      ------
Non-glycine and non-proline residues         75      100.0%

End-residues (excl. Gly and Pro)              2

Glycine residues                              6
Proline residues                              2

Сервер EDS "Significant regions"

По результатам выдачи программы в структуре 1opd всего 2 остатка с большим Z-score: Leu 80, leu 84. Ниже приведена изображение остатка 80 в проволочной модели с электронной плотностью (команда isomesh nm, 1opd_map, 0.5, resi 80, 0.5):


RSR=0.160, real-space correlation coefficient=0.821, Z-score=2.277469.

Сервер EDS "PDB_REDO"

Ниже представлены таблицы результата оптимизации структуры 1opd: 
	From PDB header	After full optimisation
R	0.1820               0.1681
R-free	0.2340               0.2085
σR-free                      0.0047
R-free Z-score              -2.30

WHAT_CHECK validation 	       Original PDB entry	Fully optimised
1st generation packing quality1     0.725                0.922
2nd generation packing quality1    -1.371               -0.848
Ramachandran plot appearance1       1.566                1.640
Chi-1/Chi-2 rotamer normality1     -2.431               -0.220
Backbone conformation1              0.715                0.709
Bond length RMS Z-score2            0.867                0.687
Bond angle RMS Z-score              1.635                0.772
Total number of bumps3                0	                   2
Unsatisfied H-bond donors/acceptors   4	                   1
Видно, что после оптимизации структура должна лучше вписываться в электронную плотность: уменьшилось значение R-фактора, R-free-фактора, Z-score, количество потенциальных доноров/акцепторов водородных связей.

Оптимизированная структура

Как видно из изображения ниже, после оптимизации leu 80 намного лучше вписывается в электронную плотность:



©, "ООО Шиндяпина 2008"