Учебный сайт Шиндяпиной А.В.
Биологический смысл выравнивания последовательностей белков.
В предыдущем блоке для построения выравниваний использовались различные программы, решающую роль в его построении математичская оценка (вес выравнивания).
работая с белком необходимо помнить, что это все-таки биологическая структура, соответственно и выравнивание будет наиболее правильным, если
рассматривать его и с биологической точки зрения. И самая лучшая проверка - рассмотрение пространственных структур. Этому и посвящена данная работа.
1. Построение выравнивания аминокислотных последовательностей на основе пространственного наложения структур белков.
Для работы был дан файл с пространственным наложением двух последовательностей и сами их последовательности. По данному пространственному наложению
Было построено выравнивание вручную, с помощью программы GeneDoc. Пространственные структуры частей белков хорошо совпали. Но многие места
в выравнивании, изначально выданным программой GeneDoс, оказались спорными. Некоторые а.о. в колонках с близкородственными заменами при рассмотрении пространственной
структуры оказались довольно далеки друг от друга. Большая часть выравнивания вообще была неправильной, т.к. в соответствии с пространственным наложением
на месте 30-38 а.о. белок "A" сильно отходит от "В", а далее их стуктуры совпадают. Логично, что где-то в этом участке в выравнивании должен быть гэп, что и было отрожено
в выравнивании. Также из пространственной структуры стало ясно, что полное наложение не гарантированно даже в случае одинаковых а.о. Как пример
взяла остатки Р-Р или А-А, на изображении они выделены красным.
Бывает, что и случайно пространственно совпадают Са-атомы у совершенно разных а.о.
В соответствии с вышеперечисленным я построила слейдующее выравнивание:
А так же файл с ним же pr_vir.msf .
2. Построение выравнивания этих же последовательностей программой needle и сравнение моего выравнивания с автоматически полученным.
Оба выравнивание совпали, скорее всего благодаря их простоте (всего один гэп и небольшая длина) и хорошо совпавшим структурам. Рискну предположить, что при работе в более
сложных случаях, автоматически построенные выравнивания будут далеки от биологически правильного, т.к. в них опор делается на получение максимального веса.
Выравнивание программой needle слейдущее:
#=======================================
B 1 IIRTVGEAEKRFREDALRMMRAVRFVSELGFALA---PDTEQAIVQNAPL 47
.:|.||.|::|.:||.||::|..||...:..... |:|.:||.:||..
A 1 KVRFVGHAKQRIQEDYLRILRYFRFYGRIVDKPGDHDPETLEAIAENAKG 50
B 48 LAHISVERMTMEMEKLLGGPFAARALPLLAETGLNAYL 85
||.||.||:.:|::|:|.|......:.|:.:..:..|:
A 51 LAGISGERIWVELKKILVGNHVNHLIHLIYDLDVAPYI 88
#---------------------------------------
#---------------------------------------
Также получила файлы a-b.needle и a-b-needle.msf .
©, "ООО Шиндяпина 2008"
A