Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~student08fbb/mn_vir.html
Дата изменения: Fri Apr 17 16:58:45 2009
Дата индексирования: Tue Oct 2 03:30:19 2012
Кодировка: Windows-1251

A Биологический смысл.

Учебный сайт Шиндяпиной А.В.

Биологический смысл выравнивания последовательностей белков.

В предыдущем блоке для построения выравниваний использовались различные программы, решающую роль в его построении математичская оценка (вес выравнивания). работая с белком необходимо помнить, что это все-таки биологическая структура, соответственно и выравнивание будет наиболее правильным, если рассматривать его и с биологической точки зрения. И самая лучшая проверка - рассмотрение пространственных структур. Этому и посвящена данная работа.

1. Построение выравнивания аминокислотных последовательностей на основе пространственного наложения структур белков.

Для работы был дан файл с пространственным наложением двух последовательностей и сами их последовательности. По данному пространственному наложению Было построено выравнивание вручную, с помощью программы GeneDoc. Пространственные структуры частей белков хорошо совпали. Но многие места в выравнивании, изначально выданным программой GeneDoс, оказались спорными. Некоторые а.о. в колонках с близкородственными заменами при рассмотрении пространственной структуры оказались довольно далеки друг от друга. Большая часть выравнивания вообще была неправильной, т.к. в соответствии с пространственным наложением на месте 30-38 а.о. белок "A" сильно отходит от "В", а далее их стуктуры совпадают. Логично, что где-то в этом участке в выравнивании должен быть гэп, что и было отрожено в выравнивании. Также из пространственной структуры стало ясно, что полное наложение не гарантированно даже в случае одинаковых а.о. Как пример взяла остатки Р-Р или А-А, на изображении они выделены красным.

Бывает, что и случайно пространственно совпадают Са-атомы у совершенно разных а.о.
В соответствии с вышеперечисленным я построила слейдующее выравнивание:

А так же файл с ним же pr_vir.msf .

2. Построение выравнивания этих же последовательностей программой needle и сравнение моего выравнивания с автоматически полученным.

Оба выравнивание совпали, скорее всего благодаря их простоте (всего один гэп и небольшая длина) и хорошо совпавшим структурам. Рискну предположить, что при работе в более сложных случаях, автоматически построенные выравнивания будут далеки от биологически правильного, т.к. в них опор делается на получение максимального веса.
Выравнивание программой needle слейдущее:

 #=======================================                                             
                                                                                          
      B                  1 IIRTVGEAEKRFREDALRMMRAVRFVSELGFALA---PDTEQAIVQNAPL     47      
                           .:|.||.|::|.:||.||::|..||...:.....   |:|.:||.:||..                                                                                                                         
      A                  1 KVRFVGHAKQRIQEDYLRILRYFRFYGRIVDKPGDHDPETLEAIAENAKG     50      
                                                                                          
      B                 48 LAHISVERMTMEMEKLLGGPFAARALPLLAETGLNAYL     85                  
                           ||.||.||:.:|::|:|.|......:.|:.:..:..|:                         
      A                 51 LAGISGERIWVELKKILVGNHVNHLIHLIYDLDVAPYI     88                  
                                                                                          
                                                                                          
      #---------------------------------------                                            
      #---------------------------------------

Также получила файлы a-b.needle и a-b-needle.msf .