Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~student08fbb/embl.html
Дата изменения: Wed Dec 23 03:06:11 2009
Дата индексирования: Tue Oct 2 01:49:50 2012
Кодировка: Windows-1251

EMBL

Учебный сайт Шиндяпиной А.В.

Банк нуклеотидных последовательностей EMBL

1. Работа с системой SRS.

а) Перейдя по ссылке http://srs.ebi.ac.uk/ , перешла по гиперссылке на страницу EMBL(release) . На данной странице указана информация о последнем проиндексированном в системе релизе EMBL. Дата последнего индексирования - 7 сентября 2009. Релиз содержит 52 записи.

b) Пройдя по ссылке Data class , можно посмотреть список классов банка EMBL. Он следующий:

ANN: Constructed sequence with annotation
CON: Constructed sequence
EST: Expressed Sequence Tag
GRV: Genome Reviews
GSS: Genome Survey Sequence
HTC: High Throughput cDNA sequencing
HTG: High Throughput Genome sequencing
MGA: Mass Genome Annotation
PAT: Patent
SET: Project set (EMBL WGS Masters only)
STD: Standard
STS: Sequence Tagged Site
TPA: Third Party Annotation
TSA: Transcriptome Shotgun Assembly
WGS: Whole Genome Shotgun

Снизу указано число записей каждого класса, проиндексированных SRS для последнего релиза EMBL.У тех классов, для которых не указано число записей, записи еще не пориндексированы. (ANN, EST, GRU, MGA, SET, WGS)

c) В банке EMBL представлены следующие разделы (указанные числа - количесвто проиндексированных записей):

ENV: Environmental Samples
FUN: Fungi
HUM: Human
INV: Invertebrates
MAM: Other Mammals
MUS: Mus musculus
PHG: Bacteriophage
PLN: Plants
PRO: Prokaryotes
ROD: Rodents
SYN: Synthetic
TGN: Transgenic
UNC: Unclassified
VRL: Viruses
VRT: Other Vertebrates

d) Получив данные о количестве появившихся стандартных записях в разделах hum (человек), pln (растения), pro (поркариоты) за май 2009 и 2008 года, построила следующую диаграмму:

Видно, что показатели для всех разделов уменьшились по сравнению с 2008 годом, но особенно для раздела hum.

2. Работа с записью BA000025

Работала с геном ZNFB7 из хромосомы 6p21.3 геномной ДНК человека. Ген имеет обратное направление относительно записанного. У него 6 кодиующих участков (экзонов). Первый из них имеет длину 516 нуклеотидов, последний - 381. Первый интрон длиной 825, а последний 3112.

3. Работа с BLASTX

В указанномвыше гене самый длинный кодирующий участок 1778075..1778926. С помощью программы seqret c опцией -sask был вырезан этот фрагмет и записан в fasta-формате в файл BA000025.fasta . Далее на странице http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ выбрала программу BLASTX, т.к. она ищет белки по поседовательностям н.к. Для поиска ввела последовательность из файла BA000025.fasta, выбрала банк SwissProt и организм human. В итоге blast выдал много белков, выбрала конечно с самымлучшим e-value 1e-74. Это трехчленный мотиф-содержащий белок 15 (еще одно название - Zinc finger("цинковые пальцы") protein B7, откуда понятно название гена). Участок с 1 по 127 а.к. соответствует заданному экзону.

Query  381  MPATPSLKVVHELPACTLCAGPLEDAVTIPCGHTFCRLCLPALSQMGAQSSGKILLCPLC  202
            MPATPSLKVVHELPACTLCAGPLEDAVTIPCGHTFCRLCLPALSQMGAQSSGKILLCPLC
Sbjct  1    MPATPSLKVVHELPACTLCAGPLEDAVTIPCGHTFCRLCLPALSQMGAQSSGKILLCPLC  60

Query  201  QEEEQAETPMAPVPLGPLGETYCEEHGEKIYFFCENDAEFLCVFCREGPTHQAHTVGFLD  22
            QEEEQAETPMAPVPLGPLGETYCEEHGEKIYFFCENDAEFLCVFCREGPTHQAHTVGFLD
Sbjct  61   QEEEQAETPMAPVPLGPLGETYCEEHGEKIYFFCENDAEFLCVFCREGPTHQAHTVGFLD  120

Query  21   EAIQPYR  1
            EAIQPYR
Sbjct  121  EAIQPYR  127

4. Информация о белке PTHP_ECOLI в банке EMBL.

С помощью команды entret sw:P0AA04 получила файл pthp_ecoli.entret . В нем 6 ссылок на банк EMBL. Я взяла первые 5, с помощью SRS получиа необходимую информацию и заполнила таблицу:

Идентификатор записи EMBL	Тип молекулы	Класс данных	Раздел EMBL	Дата создания документа	Описание	Длина последовательности
M10425	linear genomic DNA	STD	PRO	18-NOV-1986	E.coli ptsH gene coding for histidine-containing protein (Hpr), complete cds, and ptsI gene encoding enzyme I of the PTS system (phosphoenolpyruvate-dependent glycose phosphotransferase system).	888
J02796	linear genomic DNA	STD	PRO	16-JUL-1988	E.coli ptsH, ptsI and crr genes encoding cytoplasmic proteins of the phosphoenolpyruvate:glycose phosphotransferase system (HPr, enzymes I and Glc-III), complete cds.	2850
M21994	linear genomic DNA	STD	PRO	22-APR-1989	E.coli cysK gene, 3' end, ptsH, ptsI, and crr phototransferase system genes, complete cds.	3144
M21451	linear genomic DNA	STD	PRO	22-APR-1989	E.coli cysZ, cysK, ptsH, and ptsI genes, complete cds.	2597
U00096	linear genomic DNA	STD	PRO	23-FEB-2006	Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome.	4639675

Все записи содержат информацию о линейной геномной ДНК прокариот, причем во всех, кроме последней проаннотированны cds, в последней - весь геном E.coli штамма К-12 (Escherichia coli str. K-12 substr.).