Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~step_vita/Term4/mitoh.html
Дата изменения: Fri May 22 21:09:10 2009 Дата индексирования: Tue Oct 2 10:16:15 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Порог | 5.0 | 10.0 | 30.0 | |||
alpha | gamma | alpha | gamma | alpha | gamma | |
Общее число находок | 153 | 333 | 76 | 142 | 30 | 0 |
Количество находок с GO идентификатором "структурная единица рибосомы" | 82 | 162 | 76 | 142 | 30 | 0 |
Для того, чтобы определить, какой порог будем использовать при поиске, проанализаруем полученные данные. Видно, что порог в 10.0 позволяет найти все интересующие нас белки среди обеих групп (в отличие от порога в 30.0) и не захватить лишние (в отличие от порога в 5.0). Фильтр найденных последовательностей производился с помощью алгоритма, реализованного на языке программирования perl, поиск осуществлялся по идентификатору GO:0003735 (structural constituent of ribosome). Табличные данные позволяют определить порог, не расширяя поиск на все клеточные элементы.
Вилкоксон=1.06E4, Z=-5.123, Значимость=0, степ.своб = 76,142
Гипотеза 1: <Есть различия между медианами выборок>
Сравним медианы каждой из выборок с помощью описательной статистики:
Alpha: Gamma: Размер <---Диапазон---> Среднее---Ошибка Дисперс Ст.откл Сумма Размер <---Диапазон---> Среднее---Ошибка Дисперс Ст.откл Сумма 76 19.86 33 28.42 0.3606 9.884 3.144 2160 142 16.88 29.64 27.89 0.1289 2.36 1.536 3960 Медиана <--Квартили--> ДовИнтСр. <-ДовИнтДисп-> Ош.СтОткл Медиана <--Квартили--> ДовИнтСр. <-ДовИнтДисп-> Ош.СтОткл 29.45 26.73 30.27 0.709 8.254 9.884 0.8976 28.16 27.58 28.56 0.2515 1.377 1.377 0.3747 Асимметр. Значим Эксцесс Значим Асимметр. Значим Эксцесс Значим -1.253 0 3.658 0.0742 -4.808 0 33.65 0Различия, замеченные нами при построении гистограмм подтвердил тест Вилкоксона. Проанализировав данные описательной статистики о различии между средним значением и медианой, можно заключить, что выборка из альфапротеобактерий ближе к изучаемой выборке.
Группа источников рибосом Число последовательностей альфапротеобактерии 76 гаммапротеобактерии 142 фирмикуты 7 митохондрии 10На основе построенного выравнивания методом максимального правдоподобия построим филогенетическое дерево для всех белков: