Алгоритмы рекострукции филогении

1. Укоренение в среднюю точку

   Дерево до укоренения:
   
   Дерево после укоренинения:
   
   Укоренение произошло в ветвь {CLOB1, CLOTE} против {STRPN, LACLM, GEOKA, LISMO, STAA1, PEDRA}.
   Корень построенного дерева совпадает с корнем правильного.
   Метод максимальной экономии не выдает длины ветвей.
   UPGMA выдает уже укорененное дерево.

2. Использование внешней группы

   Изображение дерева с листом Ecoli:
   
   Укоренение произошло в ветвь {CLOB1, CLOTE} против {STRPN, LACLM, GEOKA, LISMO, STAA1, PEDRA}.
   Корень построенного дерева совпадает с корнем правильного.
   

3. Бутстрэп

   
   

                                                        
                                     +-------RS7 CLOTE  
                             +--100.0-|                 
                             |       +-------RS7 CLOB1  
                     +--30.9-|                          
                     |       |       +-------RS7 LISMO  
             +--52.6-|       +--36.4-|                  
             |       |               +-------RS7 GEOKA  
             |       |                                  
     +-------|       +-----------------------RS7 PEDPA  
     |       |                                          
     |       |                       +-------RS7 LACLM  
     |       +------------------99.0-|                  
     |                               +-------RS7 STRPN  
     |                                                  
     +---------------------------------------RS7 STAA1  
   

   Три недостоверные ветви, собственно неправильные. Неправильно расположен лист STAA1. Если его переместить, получится правильное дерево. Зато правильно объединены PEDRA, LACLM и STRPN, что не получалось предыдущими методами.