Второй семестр

Программы, с которыми мы работали: FAR manager Internet Explorer, Microsoft Word, Microsoft Excel, GeneDoc,

Пакет программ EMBOSS (кривые юниксовые проги для разнообразных выравниваний): needle (программа попарного глобального выравнивания), water (программа попарного локального выравнивания), matcher (программа попарного локального выравнивания), emma (программа множественного выравнивания),

Второй семестр еще только начался, а нас уже с головой окунули в целый таз новой,интересной и увлекательной работы. Уже до первого зачетного задания я понял, что скучать не придется. Мы упорно продолжали познавать разнообразные возможности Fara и Excel. В Fare мы научились видеть мощнейшую программу для построения выравниваний белковых последовательностей. И в ручную строить матрицы аминокислотных замен, о чем подробнее можно почитать кликнув на соответствующую ссылку. Окончание второго семестра ознаменовалось прохождением юниксовых програмулек для построения выравниваний, кривой шняги которая строит деревья обсчитанные, по выражению самих преподавателей, "наивным методом", лазаньем по производным базам данных Pfam,Prosite и Interpro, а также непрерывным стучанием по клавишам в комп.-классе, с целью создания множества отчетных интернет страниц, стоя (сидеть на стуле из-за такого большого "объема работы" уже не представляется возможным). Особенно мне понравилось деревья строить, над этим заданием можно просидеть часами (только всеравно не угадаешь, чего программе не нравится во входном файле). "Ну вы понимаете. такими программами деревья сейчас уже ни кто не строит" - объясняют преподаватели-"Это учебный процесс". Действительно для нормальной работыс филогенетическими деревьями необходимы такие программы как PAUP, или MrBayes. Вот так и получается: учебный процесс это только страшный "объем работы", а что-то более-менее необходимое приходится постигать самому.

Создание выборки белков с одинаковыми функциями

Выравнавание белковых последовательностей и создание матрицы аминокислотных замен

Blastp

Алгоритмы попарного выравнивания

Паттерны, профили, домены

Деревья

На главную