Филогенетические деревья (дополнительные задания)
Оценка достоверности полученной топологии с помощью метода jackknife
Было повторено упражнение 1 задания 3, но использовались следующие команды:
fseqboot 1.fasta -auto -test j
fdnaml 1.fseqboot -ttratio 1 -auto
В результате на выходе получаем файлы "1.fdnaml", в котором видим деревья и "1.treefile" со скобочными формулами.
Опять же как и в предыдущем задании была запущена программа fconsense, на вход программе были поданы скобочные формулы из файла 1.treefile,в выходной файл были помещены результаты бутстреп-анализа.
Перед нами стояла задача-проанализировать результаты и сравнить с предыдущими.
Можно заметить, что в данном консенсусном дереве опять же таки присутствуют все ветви и как и ранее полученное, это дерево неукорененное.
Всевозможные разбиения на ветви включенные в консенсусное дерево:
Set (species in order) How many times out of 100.00
.***.. 100.00
....** 100.00
.**... 100.00
Сразу же стоит напомнить результаты, полученные ранее:
Set (species in order) How many times out of 100.00
.**... 100.00
.***.. 94.00
....** 94.00
То есть,как видно,разбиение на ветви в полученных консенсусных деревьях совпадает.
Что касается разбиений на ветви, которые не были включены в консенсусное дерево, то их нет как и прежде.
Схема полученного консенсусного дерева:
+------F
+100.0-|
+100.0-| +------E
| |
+------| +-------------D
| |
| | +------A
| +-------100.0-|
| +------B
|
+---------------------------C
Теперь сравним деревья.Дерево, полученное ранее:
+---------------------------C
|
| +-------------D
| +-94.0-|
| | | +------F
| | +100.0-|
+------| +------E
|
| +------B
+--------94.0-|
+------A
Смотря на схему можно заключить, что разбиения на ветви в консенсусных деревьях одинаковы, то есть деревья одинаковы по топологии.
Также нужно отметить, что результаты работы с jackknife несколько отличаются от результатов, полученных в результате бутстреп анализа.
Как видно выше,бутстреп значения ветвей отличаются, то есть мы получаем иную оценку, выданную программой, о вероятности встречи данной ветви.
Также нельзя не заметить различие в размещении внутренних ветвей и листьев в наших деревьях.
Но все же, несмотря на вышеприведенные различия, я считаю, что можно сделать вывод об однозначной реконструкции дерева .
Укоренение дерева в среднюю точку
Задачей этого упражнения было освоить программу fretree и разбераться в частности, как посредством fretree укоренить это дерево.
На вход ей подавалось дерево, реконструированное методом Neighbor-joining.
Использовалась следующая команда:
fretree 6 1.treefile , где перед названием файла указано количество листьев в данном дереве.
С помощью "?" была выведена справка с параметрами программы:
. Redisplay the same tree again
= Redisplay the same tree without/with lengths
U Undo the most recent change in the tree
W Write tree to a file
+ Read next tree from file (may blow up if none is there)
R Rearrange a tree by moving a node or group
O select an Outgroup for the tree
M Midpoint root the tree
T Transpose immediate branches at a node
F Flip (rotate) subtree at a node
D Delete or restore nodes
B Change or specify the length of a branch
N Change or specify the name(s) of tip(s)
H Move viewing window to the left
J Move viewing window downward
K Move viewing window upward
L Move viewing window to the right
C show only one Clade (subtree) (might be useful if tree is too big)
? Help (this screen)
Q (Quit) Exit from program
X Exit from program
Для получения данного изображения переукорененного дерева я воспользовалась функцией M:
,------------------------------------------------------3:D
,--9
! ! ,--------------------------------4:E
! `------------------------------------10
! `----------------------------5:F
-11
! ,-----------------------------------------------6:A
! ,-----------7
`-------8 `-----------------------------------------------------1:B
!
`--2:C
Далее опцией W полученные данные были записаны в reroot.treefile
Как мы видим, укоренение проводилось в среднюю точку, т.е. в середину самого длинного пути по дереву между двумя листьями.
Изображение филогенетического дерева в графическом формате
Построение изображения проводилось программой fdrawgram.
Задачей стояло ознакомиться с программой, построить изображение и сравнить работу данной программы с работой fdrawtree.
Использовалась команда для изображения филограммы, ориентированной вправо:
fdrawgram -style p reroot.treefile
Данные были записаны в файл reroot2.ps
Результат полученного изображения можно увидет ниже:
Различие между двумя программами состоит лишь в каком виде изображается дерево, и если первая программа однозначно изображает дерево на основе скобочной формулы, то в программе fdrawgram можно менять различные параметры и она в зависимости от этого может создавать различные, нужные нам, изображения дерева.
На главную
На страницу четвертого семестра
©Вахрушева Анна Алексеевна