SRS

Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~serge2006/SRS/srs.html
Дата изменения: Fri Mar 16 03:39:52 2007
Дата индексирования: Tue Oct 2 07:09:34 2012
Кодировка: Windows-1251

SRS

3 зантие 2 семестра.
02.03.2007

SRS на сервере EBI: SRS.

Банки данных "MEDLINE", "UniProtKB", "UniRef100", "EMBL" и "PDB" находятся в группах: см. таблицу 1.
Страница с описанием индекса поля таксономии банка Swiss-Prot.
- Таксоны в документах Swiss-Prot начинающиеся на "ga": 2_1.
- Английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии" - gammaproteobacteria. Количество документов в банке Swiss-Prot, описывающих белки из gammaproteobacteria: 43434.
Поиск белка и сохранение.
- Поиск белка по Accession number: P04968. (см. таблицу 3)
- Строка запроса: [swissprot-AccNumber:P04968*].
- Найдено документов: 1.
- Последовательность белка в формате "FastaSeqs": P04968.fasta.
Поиск белков из таксона "гамма-протеобактерии", которые выполняют функцию, сходную с функцией моего белка.
- В банке UniProtKB/Swiss-Prot найдено 4 документа, описывающих белки из таксона gammaproteobacteria, которые в поле Description содержат Threonine dehydratase biosynthetic, что является частью описания моего белка. (см. таблицу 3)
- Строка запроса: ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & ((([swissprot-Description:Threonine*] & [swissprot-Description:dehydratase*]) & [swissprot-Description:biosynthetic*]) | [swissprot-Description:Threonine dehydratase biosynthetic*] )).
- Найдено документов: 4.
- Информация про найденные белки: см. таблицу 4.
- Все найденные документы в fasta-формате: gamma_proteins.fasta.

Поиск белков из организмов Yersinia pestis и Vibrio cholera, выполняющих функцию, сходную с функцией моего белка в банке UniRef100.
- В банке UniRef100 найдено 3 документа, описывающих белки из организмов Yersinia pestis и Vibrio cholera, которые в поле Description содержат Threonine dehydratase, что является частью описания моего белка. (см. таблицу 3)
- Строка запроса: ((([uniref100-Description:Threonine*] & [uniref100-Description:dehydratase*]) | [uniref100-Description:Threonine dehydratase*]) & ([uniref100-Organism:Yersinia pestis] | [uniref100-Organism:Vibrio cholerae])).
- Найдено документов: 3.
- Информация про найденные белки: см. таблицу 5.
- Все найденные документы в fasta-формате: yv_proteins.fasta.
Банк MEDLINE.
- Поиск статей, в которых упоминается полное название Вашего белка (Threonine deaminase). В банке MEDLINE (SRS) проводим поиск: AllText: Threonine deaminase. В результате найдено 246 статей. По аналогичному запросу в PubMed было найдено 375 статей. (см. таблицу 3)
- MEDLINE: строка запроса: (([medline-AllText:Threonine*] & [medline-AllText:deaminase*]) | [medline-AllText:Threonine deaminase*]). Добавление знака "И" (&) на результат поиска не повлияло.
- Найдено документов: 246.
Банк MEDLINE (часть 2).
- Сколько в MEDLINE статей, опубликованных в 1970-е годы, среди авторов которых имеется А.А.Нейфах?
  Поле Authers. Во всех банках SRS имя автора переконвертировано в формат: "Фамилия,И.О." (все без пробелов). Если инициалы не известны, можно использовать "*": "Фамилия,*".
  Тогда создаем запрос в базе MEDLINE по полю Authors: "Ne*h,A.A." без кавычек. Обнаруживаем: Neyfakh,A.A..
  Поле Year. Формат: просто год (2007), начиная с какого-то года (2005:), промежуток (2001:2004).
  Тогда добавляем к запросу по полю Authors: Neyfakh,A.A. поле Year: 1970:1979. (см. таблицу 3)
- Строка запроса: ([medline-Authors:Neyfakh,A.A.*] & [medline-Year#1970:1979]).
- Найдено документов: 9.
- Круг интересов указанного автора: эмбриональное развитие организмов, эмбриональная генетика, РНК, митоз.

Последнее обновление: 16.03.2007