Занятие 7. A- и B-формы ДНК. |
 |
fiber -a gatc-a.pdb; 2; gatc; 4: gatc-a.pdb.
fiber -b gatc-b.pdb; 2; gatc; 4: gatc-b.pdb.
2. Изучение структур, полученных в первом задании, с помощью программы RasMol (3.2.3).
Заполнены первые 2 столца таблицы. В процессе использованы (написаны) скрипты Term3\Block2\Practice7\gatc-a.scr и gatc-b.scr.
| A-форма | B-форма | Файл dna22.pdb | |
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | правая |
| Шаг спирали (Å) | 28,03 | 33,75 | 31,77 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 10 |
| Ширина большой бороздки | 7,98 (T-C) | 17,21 (G-G) | 17,41 (A-G) |
| Ширина малой бороздки | 16,81 (T-C) | 11,69 (G-C) | 11,00 (A-C) |
3. Исследуемая ДНК (dna22.pdb) сильно похожа на B-форму ДНК, так как у нее:
- Нет просвета в центре (вид с торца).
- Число оснований на виток: 10.
- Большая бороздка шире малой (значения почти совпадают с "деальными" для B-формы).
4. Анализ всех трех структур ДНК программами find_pair и analyze.
| Команда (ссылка на фрагмент результата) | Комментарий |
| find_pair -t gatc-a.pdb stdout | analyze | A-форма очень стабильна. Это следует из постоянства значений торсионных углов. Отклонений мало и они не значительны: 0.1. Отклонения в: Strand I: delta, epsilon, zeta; Strand II: delta и epsilon. |
| find_pair -t gatc-b.pdb stdout | analyze | B-форма менее стабильна, чем A, т.к. отклонений торсионных углов больше, но они не значительны: 0.1. Отклонения в: Strand I, II: beta, gamma, delta, chi. |
| find_pair -t dna22.pdb stdout | analyze | Скорее всего данная структура весьма подвижна, т.к. значения торсионных углов заметно варьируют. Отклонения значительные. ((Может быть это структура - РНК?)) |
(*). С помощью программы analyze можно узнать тип спирали (правая или левая), форму ДНК (для каждой пары нуклеотидов), ширину бороздок, без использования инструментов визуального отображения структуры, таких как RasMol.
5. Получить изображения структур в виде стопочных моделей (вид сверху, сбоку) с помощью программы pdb2img.
pdb2img -c gatc-a.pdb gatc-a.ps
rotate_mol -b gatc-a.pdb gatc-a_rot.pdb
pdb2img -c gatc-a_rot.pdb gatc-a_rot.ps
Для получения картинки из *.ps использовались Adobe Acrobat Pro (Acrobat Distiller) и Clipboard for TC.
Получены файлы: gatc-a.gif, gatc-a_rot.gif.
...аналогично для 2 оставшихся структур...
| gatc-a | gatc-b | dna22 | |
| Вид сверху |  |
 |
 |
| Вид сбоку |  |
 |
 |
| Комментарии | Видна характерная для А-формы ДНК полость внутри спирали. Азотистые основания наклонены. |
Полость внутри спирали отсутствует => В-форма ДНК. Азотистые основания почти перпендикулярны оси спирали. |
Полости не видно, спираль выглядит странно, неполно... Сверху азотистые основания почти параллельны, а снизу наклонены, но все же большее сходство с B-формой. |
назад