Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~seferyan_m/projects/pmol_7/surface.html
Дата изменения: Thu Dec 23 23:57:54 2010 Дата индексирования: Fri Feb 11 09:01:31 2011 Кодировка: Windows-1251 |
Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова Факультет Биоинженерии и Биоинформатики Учебный сайт Сеферяна Мелика |
---|
Полезные ссылки |
Поверхность, гидрофобное взаимодействие, домены.1.Для записи 1zay_1.pdb в PyMOL были созданы следующие изображения:а) поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера; б) поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлеченной в контакт; в) поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали. 2. Cервис PROTORP. Страница с результатами для биологической единицы записи 1ZAY. Площадь контакта мономеров белка 2570.85 кв. ангстрем, из которых 44.32% приходится на гидрофобное взаимодействие. 3. Гидрофобные кластеры можно определить с помощью сервиса CluD. Выдача программы. На данном изображении разными цветами выделены кластеры объемом более 10 атомов: 4. Определение доменной структуры с помощью сервиса pDomains. 1) Для каждой из двух цепей из записи 1PKV картина была тривиальной, поэтому было решено выбрать запись 1I8D. Для цепи А были получены следующие результаты:
Почти все методы определили 2 домена в данной цепи белка. Ниже представлено изображение цепи A записи 1I8D с окраской по данным метода PUU . Можно видеть, что данные два домена имеют очень похожую трехмерную структуру. Скорее всего концевую альфа-спираль нельзя считать частью домена, однако почти все методы включили ее в домен (за исключением PUU). 2) Для цепи А записи 1ZAY были получены следующие результаты:
изображение цепи A записи 1ZAY с окраской по данным метода PUU: Красным отмечен домен 1ZAYA1, желтым - 1ZAYA2, голубым - 1ZAYA3, зеленым - структуры, не являющиеся доменами. |