Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~seferyan_m/projects/pmol_5/features.html
Дата изменения: Tue Dec 21 00:32:36 2010 Дата индексирования: Fri Feb 11 09:06:20 2011 Кодировка: Windows-1251 |
Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова Факультет Биоинженерии и Биоинформатики Учебный сайт Сеферяна Мелика |
---|
Полезные ссылки |
Характеристики PDB-файла, биологические единицы.1.Дана запись 1PKV.pdb. Некоторые ее технические характеристики представлены в таблице:
2. Вычислим относительные координаты для атома: ATOM 806 CG PRO B 19 -12.007 10.185 37.256 1.00 68.55 CИспользуем матрицу перехода и вектор трансляции: SCALE1 0.019936 0.000000 0.000000 0.00000 SCALE2 0.000000 0.009580 0.000000 0.00000 SCALE3 0.000000 0.000000 0.011749 0.00000Тогда, умножая матрицу перехода на вектор координат атома и прибавляя вектор трансляции, получим относительные координаты атома: -0,239, 0,098, 0,438. 3. С сервера PDBe скачан файл с ассиметрической и биологической единицами записи 1ZAY. Ассиметрическая единица: Биологическая единица: Биологическая единица состоит из 2 цепей белка и 2 цепей ДНК, ассиметрическая - из 1 цепи белка и 1 цепи ДНК. Анализируя структуру только лишь ассимметрической единицы, нельзя определить, что белок образует димеры в активном состоянии, нельзя определить взаимодействие белка с двуцепочечной ДНК. |