Полезные ссылки
Еще раз про эволюцию белков. Домены. БД Pfam, InterPro.
I. Исследование доменной структуры конкретного белка
Cхема из Pfam: |
|||||
| Пояснения к схеме |
|||||
| ? | Pfam AC | Pfam ID | Полное название семейства домена |
Положение в последовательности белка RISA_ECOLI | Клан |
| 1. | PF00677 | Lum_binding | Лумазин-связывающий домен, в некоторых белках этот домен связывается с лумазином и его производными. Мотив [KR]-V-N-[LI]-E предположительно является сайтом связывания лумазина |
3 - 87 | Клан FAD_Lum_binding (CL0076), содержит 5 семейств. |
| 2. | тот же | тот же | то же | 100 - 185 | тот же |
выравнивание-затравка (seed) для N-концевого домена заданного белка: PF00677_seed.msf
Сравнение описания доменной структуры в Pfam с описанием в других БД.
Всего по идентификатору RISA_ECOLI было найдено 6 подписей, интегрированных в InterPro.
Причем значительных отличий первичной структуры от имеющейся в Pfam не было.
Сопоставление доменной структуры с 3D структурой заданного белка.
На рисунке желтым и зеленым показаны лумазин-связывающие домены белка RISA_ECOLI (PF00677), а также 2 связанные с ними молекулы рибофлавина (производное лумазина). Видно как каждый домен Pfam формирует отдельный структурный домен.
II. Исследование эволюции отдельных доменов.
Домен PF00677 встречается в организмах 807-ми видов.|
Таксон
|
Количество белков с доменом PF00677.
|
|
| Эукариоты | Зеленые растения | 22 |
| Грибы | 62 | |
| Животные | - | |
| Остальные эукариоты | 4 | |
| Бактерии | 1440 | |
| Археи | 22 | |
| ? | PFAM ID | Количество белков в Escherichia coli (strain K12) |
| 1. | PF00677 | 1 |
Доменные перестройки.
Домен PF00677 (обозначен зеленым цветом) может встречаться в белках в количестве 2 копий, в сочетании с другими доменами, на N- и C- концах:
RISA_ECOLI
A6DMG4_9BACT
A6DWX4_9RHOB
A9V731_MONBE
В мембранных белках:
A8N347_COPC7
Кроме того в белке Q2J848_FRASC имеется разрыв в последовательности этого домена:
