Полезные ссылки
Программа MEME.
Файл pur35.fasta содержит последовательности ДНК E.coli, находящейся перед генами, регулируемыми белком PurR (пуриновым репрессором). Необходимо найти общий мотив в данных последовательностях - предполагаемый сигнал, узнаваемый белком PurR. Для этого воспользуемся сервером MEME. При этом пользуемся следующими допущениями: сигнал для белка PurR бывает только одного вида и встречается в каждой последовательности не более одного раза, длина искомого мотива - 16 нт.Результаты.
1) LOGO
| ? | A | C | G | T | weight > 0 |
| 1 | 88 | 33 | -9 | -1045 | M |
| 2 | 124 | -1045 | -67 | - 34 | A |
| 3 | -93 | -9 | 133 | -193 | G |
| 4 | -1045 | -1045 | 178 | -34 | G |
| 5 | 139 | -167 | -167 | -93 | A |
| 6 | 188 | -1045 | -1045 | -1045 | A |
| 7 | 188 | -1045 | -1045 | -1045 | A |
| 8 | 153 | -67 | -1045 | -193 | A |
| 9 | -1045 | 213 | -1045 | -1045 | C |
| 10 | -1045 | -1045 | 213 | -1045 | G |
| 11 | 39 | -167 | -167 | 88 | W |
| 12 | -1045 | -1045 | -1045 | 188 | T |
| 13 | -1045 | -1045 | -167 | 177 | T |
| 14 | -1045 | -67 | 191 | -1045 | G |
| 15 | -1045 | 191 | -67 | -1045 | C |
| 16 | -34 | -67 | 133 | -193 | G |
3) Таблица найденных мотивов.
| ? | имя последовательности | цепь ( +/- ) | координата первого нуклеотида |
| 1 | cvpA | - | 229 |
| 2 | pyrC | + | 232 |
| 3 | purE | - | 214 |
| 4 | purR | - | 240 |
| 5 | carA | - | 64 |
| 6 | purL | - | 209 |
| 7 | folD | + | 320 |
| 8 | purM | - | 221 |
| 9 | codB | + | 216 |
| 10 | purA | + | 177 |
| 11 | araB | + | 290 |
| 12 | guaB | - | 232 |
| 13 | rbsD | + | 225 |
| 14 | glnB | - | 218 |
Исходные последовательности, в которых подчеркнуты найденные мотивы:
* зеленым выделены экспериментально установленные сайты связывания белка PurR.
>codB cggcactgtgtgccgatgcctgatgcgacgctgacgcgttttatcatgcctacggacctgaaccgtaggtcggataaggcgctcgcgtcgcatccgacac catgctcagatgcctgatgcgacgctgacgcgtcttatcaggcctacccactgtttttacaccgataatttttcccccacctttttgcactcattcatat aaaaaatatatttccccacgaaaacgattgctttttatcttcagatgaatagaatgcggcggattttttgggtttcaaacagcaaaaagggggaatttcg tgtcgcaagataacaactttagccaggggccagtcccgcagtcggcgcggaaaggggtattggcattgacgttcgtcatgctgggattaaccttcttttc >purE agtgcgatggaaaaacatcaggtgcaatggctgatccacgggcatacccatcgcccggcggtgcatgaacttatcgccaatcagcaacctgcttttcgcg tggtactgggtgcctggcatacggaaggttcaatggtgaaagtcacggcggatgacgttgagctgattcattttccgttttaaaaaacccgcaactttgc tgatttcacagccacgcaaccgttttccttgctctctttccgtgctattctctgtgccctctaaagccgagagttgtgcaccacaggagttttaagacgc atgtcttcccgcaataatccggcgcgtgtcgccatcgtgatggggtccaaaagcgactgggctaccatgcagttcgccgccgaaatcttcgaaatcctga >pyrC gtacaaccggaaaaaatgcaaacggtgatgcaaacgttgcttccctatttgaaccaggcattacgcaattactttaaccagcaacctgcttacgtcctgc gcgaagatggcagccagggcgaagcaatggcgaaaaaactggcgaaaggcattgaagtgaagccaggcgaaattgtcattccatttactgattaatcacg agggcgcattcgcgccctttatttttcgtgcaaaggaaaacgtttccgcttatcctttgtgtccggcaaaaacatcccttcagccggagcatagagatta atgactgcaccatcccaggtattaaagatccgccgcccagacgactggcaccttcacctccgcgatggcgacatgttaaaaactgtcgtgccatatacca >purR tcaagttttctccttttttattaccacacaaaaagtgatattacgcatttttacacactgtgatgaaaaaatctcccgtcatttataatgataagtgttt ttaccacttccccttttcgtcaagatcggccaaaattccacgcttacactatttgcgtactggccattgaccccttcctgacgctccgtgtcgtttttcc ggcgtaccgcaacacttttgttgtgcgtaaggtgtgtaaaggcaaacgtttaccttgcgattttgcaggagctgaagttagggtctggagtgaaatggaa tggcaacaataaaagatgtagcgaaacgagcaaacgtttccactacaactgtgtcacacgtgatcaacaaaacacgtttcgtcgctgaagaaacgcgcaa >cvpA tctggcttaagtggcgtggtaatgggctatacgccgaattaatacggtcttgcctgatgcgacgctggcgcgtcttatcaggcctacgcaggggtagaac cgtaggtcggataaggcgtttacgccgcatccgacacgcattgcccgatgccgcaaaggcataaaaagtcgatggcgttgaatattttttcagcgccatt tttattgatgcgcgggaaggaaatccctacgcaaacgttttctttttctgttagaatgcgccccgaacaggatgacagggcgtaaaatcgtgggacacat atggtctggattgattacgccataatcgcggtgattgctttttcctctctggttagcctgatccgcggctttgttcgtgaagcgttatcgctggtgacat >purM acaaaaaaaatcgacggattatacctcctttcttcaaggcggcaatattcttttcgttgactttagtcaaaatgataacggtttgagataaagttatttt atattcagatggttatgaaagaagattattccatccgaaaactaacctttaccctggcacaagtcttctttcgccgcgcgcctggggaaaagacgtgcaa aaaggttgtgtaaagcagtctcgcaaacgtttgctttccctgttagaattgcgccgaattttatttttctaccgcaagtaacgcgtggggacccaagcag tgaccgataaaacctctcttagctacaaagatgccggtgttgatattgacgcgggtaatgctctggttggaagaatcaaaggcgtagtgaagaaaacgcg >guaB agtgaccggaagctggttgcgtgaaattagaaatttcgccgctgatccaaacctgtcccatctcatgctcaagcagcagacgaaccgtttgattcaggcg actaacggtaaaaattgcaggggattgagaaggtaacatgtgagcgagatcaaattctaaatcagcaggttattcagtcgatagtaacccgcccttcggg gatagcaagcattttttgcaaaaaggggtagatgcaatcggttacgctctgtataatgccgcggcaatatttattaaccactctggtcgagatattgccc atgctacgtatcgctaaagaagctctgacgtttgacgacgttctcctcgttcctgctcactctaccgttctgccgaatactgctgacctcagcacccagc >glnB ctgacctcatctccggtgattagtgatgcgctggtggagcaggcgctggagggtgaaaatacggcgctgccaacctttgttgaggcacgtaatcagtttg aactcaactatttgcgtaagctgctgcaaatcaccaaaggcaacgtcacccacgcggcgagaatggcggggcgcaaccggacagaattttataaactgct ttcccgacacgagctggatgcaaacgatttcaaggaatgaattggcgttatgtgttacgtttagcagatcaaaagacaggcgaccttttcaaggaatagc atgaaaaagattgatgcgattataaaacccttcaagctggacgatgtccgcgaagcactggccgaagtcggtattaccggcatgacggtgaccgaagtga >purL ccagaatgccgatgaacagataattaatctttaattttttcaattagttaattctctgtgtcgtgcgcgtcccagcttgaaaaaacgtaataatagtgaa aggtttactcataaatgagcggcattttgcgtaaacctgcgccagatggcaacttattacagccattggcggcacgcgttgctaattcacgatggtgatt ttatttccacgcaaacggtttcgtcagcgcatcagattctttataatgacgcccgtttcccccccttgggtacaccgaaagcttagaagacgagagactt atgatggaaattctgcgtggttcgcctgcactgtcggcattccgaatcaacaaactgctggcacgttttcaggctgccaggctcccggttcacaatattt >purA gaattcgacaatctggctggcgcttgccctggttttggtactggaaggtttagggccgatgctttacccgaaggcatggaagaagatgatctctgcgatg accaatttgcccgataatattttacgtcgttttggcggtggacttgtggttgcgggcgttgtggtctactacatgttgaggaaaacgattggctgaacaa aaaacagactgatcgaggtcatttttgagtgcaaaaagtgctgtaactctgaaaaagcgatggtagaatccatttttaagcaaacggtgattttgaaaaa tgggtaacaacgtcgtcgtactgggcacccaatggggtgacgaaggtaaaggtaagatcgtcgatcttctgactgaacgggctaaatatgttgtacgcta >folD aaatatattcaacacaaatatagacctgaagcggtaaattaccaggctgaaaattctttttatattgtcaggtatttcttaaattatcttaatccttaga caaggaaataaatcagttccagatttacaacgccatcatggacgaaaaatgaagctttcagtctcagcgacggtgcgcctcaccttcgcaagaggtcgct tcacgcgataaatctgaaacgaaacctgacagcgcgccccgcttctgacaaaataggcgcatccccttcgatctacgtaacagatggaatcctctctctg atggcagcaaagattattgacggtaaaacgattgcgcagcaggtgcgctctgaagttgctcaaaaagttcaggcgcgtattgcagccggactgcgggcac >rpiA agggatttgcgctaatgcatttcgctcagcgagttcgcgccctggttgtgttgaatggcgtggcgttattgcctcaatttgcctgtaaacaggggcttgc gaacggtgaactggtgcgcctgtttgcaccgtggagcggcatacccagaccgttgtatgctttatttgcggggcgaaaggggatgcctgccattgcgcga tattttatggatgagttaaccacgcggcttgccaacggggtctgaatcgctttttttgtatataatgcgtgtgaaatttcataccacaggcgaaacgatc atgacgcaggatgaattgaaaaaagcagtaggatgggcggcacttcagtatgttcagcccggcaccattgttggtgtaggtacaggttccaccgccgcac >carA gtaaattttgaccatttggtccacttttttctgctcgtttttatttcatgcaatcttcttgctgcgcaagcgttttccagaacaggttagatgatctttt tgtcgcttaatgcctgtaaaacatgcatgagccacaaaataatataaaaaatcccgccattaagttgacttttagcgcccatatctccagaatgccgccg tttgccagaaattcgtcggtaagcagatttgcattgatttacgtcatcattgtgaattaatatgcaaataaagtgagtgaatattctctggagggtgttt tgattaagtcagcgctattggttctggaagacggaacccagtttcacggtcgggccataggggcaacaggttcggcggttggggaagtcgttttcaatac >pdhR aatgaatttaaattcgttttaattgaattaaaaatcacaaaattggtaagtgaatcggttcaattcggatttttatagtttaataatcgttaaaaaactc ctttcctacgtaaagtctacatttgtgcatagttacaactttgaaacgttatatatgtcaagttgttaaaatgtgcacagtttcatgatttcaatcaaaa cctgtatggacataaggtgaatactttgttactttagcgtcacagacatgaaattggtaagaccaattgacttcggcaagtggcttaagacaggaactca tggcctacagcaaaatccgccaaccaaaactctccgatgtgattgagcagcaactggagtttttgatcctcgaaggcactctccgcccgggcgaaaaact >fixA ttctgtgattggtatcacatttttgtttcgggtgaatagagggcgttttttcgttaattttgattaataatcagtttgttatgctctgttgtgagtaaaa aataacatctgactttcaatattggtgatccataaaacaatattgaaaatttctttttgctacgccgtgttttcaatattggtgaggaacttaacaatat tgaaagttggatttatctgcgtgtgacattttcaatattggtgattaaagttttatttcaaaattaaagggcgtgatatctgtaattaacaccaccgata tgaacgacgtttccttcatgatttctggagatgcaatgaagattattacttgctataagtgcgtgcctgatgaacaggatattgcggtcaataatgctga >rbsD cctccttctttatgtcgcatgagtcgttgatcctcgcaaacgcccgtggtatttgcgtctgcgcggcaagctgtacttgctgctgcaacgtaatgcgctg cgtgcaccagatcaatttgaaatcccgccaaacagggttatcgaactgggtactcaggtcgaaatctaacgccagacgcctcctttcttcataagggggc gtttttgttttcatggttaatcaccatgtaaaacgtttcgaggttgatcacatttccgtaacgtcacgatggttttcccaactcagtcaggattaaactg tgggtcagcgaaacgtttcgctgatggagaaaaaaatgaaaaaaggcaccgttcttaattctgatatttcatcggtgatctcccgtctgggacataccga >araB gtccatattgcatcagacattgccgtcactgcgtcttttactggctcttctcgctaacccaaccggtaaccccgcttattaaaagcattctgtaacaaag cgggaccaaagccatgacaaaaacgcgtaacaaaagtgtctataatcacggcagaaaagtccacattgattatttgcacggcgtcacactttgctatgcc atagcatttttatccataagattagcggatcctacctgacgctttttatcgcaactctctactgtttctccatacccgtttttttggatggagtgaaacg atggcgattgcaattggcctcgattttggcagtgattctgtgcgagctttggcggtggactgcgctaccggtgaagagatcgccaccagcgtagagtggt
Сравнение результатов с реальными сайтами узнавания PurR.
Следует отметить, что координаты предсказанных и реальных сайтов ни разу не совпали точно (как правило отличались на 1 нуклеотид), поэтому считаем сайт правильно предсказанным, если он пересекается с реальным более чем по 8 нуклеотидам.количество реальных сайтов = 10
количество правильных предсказаний = 9 (ошибка в PurA)
общее число предсказаний = 14
Таким образом, чувствительность = 0,9; специфичность = 0,64.