Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~sensu/Term4/Files/genes.txt Дата изменения: Thu May 29 18:20:07 2008 Дата индексирования: Tue Oct 2 16:51:37 2012 Кодировка:

########################################
# Program: needle
# Rundate: Thu 29 May 2008 18:31:23
# Commandline: needle
# [-asequence] j01591.fasta
# [-bsequence] aroGgene2.fasta
# Align_format: srspair
# Report_file: j01591.needle
########################################

#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: J01591
# 2: AAM86599
# Matrix: EDNAFULL
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 1060
# Identity: 820/1060 (77.4%)
# Similarity: 820/1060 (77.4%)
# Gaps: 14/1060 ( 1.3%)
# Score: 3132.0
#
#
#=======================================

J01591 1 atgaattatcagaacgacgatttacgcatcaaagaaatcaaagagttact 50
||||||||.|||||.||.||||||||.||.||||||||.||.||..|.||
AAM86599 1 atgaattaccagaatgatgatttacggattaaagaaattaaggaactcct 50

J01591 51 tcctcctgtcgcattgctggaaaaattccccgctactgaaaatgccgc-g 99
.||||||||.||.|||.|.||.|||||.|||.|.||.|..|||||.|| |
AAM86599 51 acctcctgttgcgttgttagagaaatttccctccacagttaatgcggcag 100

J01591 100 aatacggttgcccatgcccgaaaagcgatccataagatcctgaaaggtaa 149
|| ||.||.|||.|..||||.||.||.||.||.||.|||.||...|.|.|
AAM86599 101 aa-accgtcgccaagacccggaatgctattcacaacatcttgcgtgctca 149

J01591 150 tgatgatcgcctgttggttgtgattggcccatgctcaattcatgatcctg 199
.|||||||||.||.||||.|||||||||||||||||.|||||||||.|..
AAM86599 150 ggatgatcgcttgctggtggtgattggcccatgctctattcatgatacgc 199

J01591 200 tcgcggcaaaagagtatgccactcgcttgctggcgctgcgtgaagagctg 249
..|||||.|||||.|||||..|.||.||||||||.|||||||||||.|||
AAM86599 200 aagcggctaaagaatatgcggcccgtttgctggcactgcgtgaagaactg 249

J01591 250 aaagatgagctggaaatcgtaatgcgcgtctattttgaaaagccgcgtac 299
.|.|..|||||||||.|.||.|||||.||.||||||||||||||||||||
AAM86599 250 cagggcgagctggaagttgtcatgcgtgtttattttgaaaagccgcgtac 299

J01591 300 cacggtgggctggaaagggctgattaacgatccgcatatggataatagct 349
.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||
AAM86599 300 aacggtgggttggaaaggcctgattaacgatccgcatatggacaatagct 349

J01591 350 tccagatcaacgacggtctgcgtatagcccgtaaattgctgcttgatatt 399
.|.|.|||||.||.|||.|.|||.|.||.|||.||||.||..|.||.|||
AAM86599 350 acgacatcaatgaaggtttacgtctggcgcgtgaattactcgtcgaaatt 399

J01591 400 aacgacagcggtctgccagcggcaggtgagtttctcgatatgatcacccc 449
|||||||||||..|.||.||.||.|||||||||.|.||||||||.||.||
AAM86599 400 aacgacagcgggttaccggccgccggtgagtttttggatatgattacgcc 449

J01591 450 acaatatctcgctgacctgatgagctggggcgcaattggcgcacgtacca 499
.||.|||||.|||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||.|
AAM86599 450 gcagtatctggctgatctgatgagctggggagccattggcgcacgtacta 499

J01591 500 ccgaatcgcaggtgcaccgcgaactggcatcagggctttcttgtccggtc 549
|.|||||.|||||.||||||||||||||.||.||.||.|||||.||.||.
AAM86599 500 ctgaatctcaggttcaccgcgaactggcttctggtctgtcttgccccgtt 549

J01591 550 ggcttcaaaaatggcaccgacggtacgattaaagtggctatcgatgccat 599
||.||.||||||||.||||||||.||.||||||||||||||.|||||.||
AAM86599 550 ggttttaaaaatggtaccgacggcaccattaaagtggctattgatgcgat 599

J01591 600 taatgccgccggtgcgccgcactgcttcctgtccgtaacgaaatgggggc 649
.||.||.|||.||||.||.|||||.|||.||||.||.||.||||||||.|
AAM86599 600 caacgcggccagtgccccacactgtttcttgtcggtgaccaaatggggtc 649

J01591 650 attcggcgattgtgaataccagcggtaacggcgattgccatatcattctg 699
|||||||||||||||||||...|||.||.||.|||||||||||||||.|.
AAM86599 650 attcggcgattgtgaatactgccggcaatggtgattgccatatcatttta 699

J01591 700 cgcggcggtaaagagcctaactacagcgcgaagcacgttgctgaa----g 745
||.||.|||||||||||.||.||||||...|||||.| |||| |
AAM86599 700 cgtggtggtaaagagccgaattacagcagtaagcatg----tgaatgcgg 745

J01591 746 tgaaagaagggctgaacaaagcaggcctgccagcacaggtgatgatcgat 795
|.|||||||||||||..|||||.||||||..|.|.|||.|.|||||||||
AAM86599 746 ttaaagaagggctgattaaagcgggcctggaaccccagattatgatcgat 795

J01591 796 ttcagccatgctaactcgtccaaacaattcaaaaagcagatggatgtttg 845
||||||||.||||||...|.||||||.||..|||||||||||||.||..|
AAM86599 796 ttcagccacgctaacagttgcaaacagtttcaaaagcagatggaagtggg 845

J01591 846 tgctgacgtttgccagcagattgccggtggcgaaaaggccattattggcg 895
..|.||.||||||||.||.|||||....||.|||||..|.||.||.||||
AAM86599 846 aacggatgtttgccaacaaattgcgcaaggtgaaaaatctatcataggcg 895

J01591 896 tgatggtggaaagccatctggtggaaggcaatcagagcctcgagagcggg 945
|||||.|.|||||||||.|.||.|||||.|..||.|.|||.||.||.||.
AAM86599 896 tgatgatcgaaagccatttagtcgaaggtagccaaaacctggaaagtggt 945

J01591 946 gagccgctggcctacggtaagagcatcaccgatgcctgcatcggctggga 995
||.||.||..||||.||..||||.||.|||||||||||.||.||||||.|
AAM86599 946 gaaccactaacctatggccagagtattaccgatgcctgtattggctggaa 995

J01591 996 agataccgatgctctgttacgtcaactggc--gaatgcagtaaaagcgcg 1043
||||||.||.||.|||||.||.||..|||| || |||||.|.|||.||
AAM86599 996 agatactgaggcgctgttgcgccagttggctgga--gcagtgagagctcg 1043

J01591 1044 tcgcgggtaa 1053
.|||..|||.
AAM86599 1044 ccgccagtag 1053


#---------------------------------------
#---------------------------------------