Второй семестр

Результаты упражнений

Блок 1.

1. Белок AAT_ECOLI в базах данных Swiss-Prot и TrEMBL.
2. Работа с системой SRS.
3. Выравнивание вручную.
4. Матрицы замен.

Блок 2.

1. Матрицы переходов глобального и локального выравниваний.
2. Программы построения выравниваний.
3. Работа с программой BLAST.

• Блок 3.
  1. Сравнение фрагментов выравниваний. Работа с ClustalW и SMART.
  2. Создание паттернов. Множественные выравнивания.
  3. Мотивы в белке AAT_ECOLI, описанные в БД Prosite.
  4. Доменная структура белка AAT_ECOLI по данным Pfam.
  5. Работа с InterPro.

  Блок 4.

  1. Работа с PSI-BLAST.
  2. Филогенетические деревья, реконструированные разными способами.