Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~sandra/Term4/settings.txt Дата изменения: Sun Mar 16 22:53:34 2008 Дата индексирования: Tue Oct 2 08:58:09 2012 Кодировка: Windows-1251

Option setting
 Codon table:
Universal
Vertebrate mitochondria
 Remove gaps, inframe stop codons:
No
Yes
o Calculate KS and KA:
No
Yes (valid only if the input is a pair of sequences)
(для того, чтобы получить значения KS и КА, необходимо в данном разделе отметить пункт Calculate KS and KA: Yes (valid only if the input is a pair of sequences))

 Remove mismatches: (mismatched codons between protein and DNA)
No
Yes
 Use only selected positions ('#' under the input alignment):
No
Yes
 Output format:
CLUSTAL PAML FASTA Codon with Amino acid
(для того, что бы получить выравнивание генов с разбивкой на кодоны, отмечаем Output format: Codon with Amino acid )