Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~roman/Term2/task15.html
Дата изменения: Tue May 30 16:23:34 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 07:25:42 2012
Кодировка: Windows-1251

Tree Второй семестр

Филогенетические деревья, реконструированные разными способами

Упражнения выполнялись на базе эталонного выравнивания домена Cpn60.

Создание дерева по алгоритму UPGMA

Результаты: UPGMA.xls.

Сравнение двух изображений дерева, построенных по алгоритму UPGMA вручную.

Итоговое дерево имеет следующую скобочную структутру: ((((Q9XD06:34,Q9VJX7:34):1.5,O46319:35.5):1.125,CH60_CHLPN:36.625):1.06,CH60_PLAFG:37.69);

Неукорененное дерево	Укорененное дерево

Деревья получились неудачными, по ним вообще ничего определенного сказать нельзя. Скорее всего эволюционные пути этих последовательностей разошлись достаточно давно.

Сравнение двух изображений дерева, построенных по методу ближайших соседей (neighbor-joining).

Итоговое дерево имеет следующую скобочную структутру: (Q9XD06_9FIRM_14-515:0.32858, (Q9VJX7_DROME_37-538:0.34003, CH60_PLAFG_89-613:0.37112) :0.00309, (O46319_GIALA_25-538:0.35218, CH602_CHLPN_22-524:0.36949) :0.00780);

Неукорененное дерево	Укорененное дерево

По neighbor-joining строится неультраметрическое дерево, то есть учитывается различная скорость эволюции (это отражено на втором этапе - длина ветви зависит от среднего расстояния до других вершин). Но несмотря на такие коррективы деревья получились еще хуже и непонятнее.
Еще одна черта метода ближайших соседей состоит в том, что он строит только неукорененное дерево.