Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~rhymester_dan/practice12_sem4.html
Дата изменения: Tue May 27 13:55:29 2008
Дата индексирования: Tue Oct 2 05:34:34 2012
Кодировка: Windows-1251
Structure Alignment
Structure Alignment Design by Rhymester Dan
mailto:KovrovDV@rambler.ru
kodomo.fbb.msu.ru
Terms
Other results
Home page
 
 Первые два пункта не нуждаются в комментариях.
Результаты лежат в файлах:
real.fasta Последовательности (вырезанные)
real.msf - выравнивание пространственных структур. Отмечено и цветом, и в строке Align, где выравниваются только два белка, где три, а где все четыре.
script.src - скрипт для выделения области (не всей данной, потому что разобрать на общей все петли - тяжело) и раскрашивания разных цепей в разные цвета
part.gif - изображение такого фрагмента
real.aln - Выравнивание программой clustalw

Пункт3.


Выравнивание частично совпало с выравниванием структуры. Только границы гэпов и выровненных областей незначительно сдвинуты (на несколько оснований), что в принципе не является совсем неправильным, так как точно указать, где начинается петля и заканчивается выровненная область иногда проблематично. Т.е. сдвиг на снование в моем случае мне кажется очень существенным, тем более, что множественное выравнивание нашло все петли, присутствующие в D белке, хотя и не очень точно.

На изображении далее + соответсвует 2м выравненным последовательностям, ^ - трем, а звездочка ставиться тогда, когда все четыре последовательности на белковом выравнивании выравненны. 
CLUSTAL W (1.83) multiple sequence alignment


A               AEIYNKDGNKLDVYGKVKA-MHYMSDNASKD-----GDQ--SYIRFGFKGETQINDQLTG
C               AEIYNKDGNKLDLYGKIDG-LHYFSDDKDVD-----GDQ--TYMRLGVKGETQINDQLTG
D               --------SSVTLFGIVDTNVAYVNKDAAGDSRYGLGTSGASTSRLGLRGTEDLGGGLKA
E               ---------EVKLSGDARMGVMYNGDDWNFS------SR--SRVLFTMSGTTDSG--LEF
                         .: : *     : * ..:   .          :   : . *  : .  *  

A               YGRWE-
C               YGQWE-
D               -GFWLE
E               GASFK-
                 . :  
 real.msf  MSF: 65  Type: P  May 14, 2008  01:39  Check: 4714 ..

       1                                                   50 
    A  AEIYNKDGNK LDVYGKVKAM HYMSDN.... ASKDGDQSYI ....RFGFKG 
    C  AEIYNKDGNK LDLYGKIDGL HYFSDD.... KDVDGDQTYM ....RLGVKG 
    D  ........SS VTLFGIVDTN VAYVNKDAAG DSRYGLGTSG ASTSRLGLRG 
    E  ........EV KLSGDARMGV MYNGDD.... ...WNFSSRS ....RVLFTM 
Align  ++++++++** *********^ **++...... ..++***^^^ ....****** 

       51            65 
    A  ETQINDQLTG YGRWE    
    C  ETQINDQLTG YGQWE    
    D  TEDLGGGLKA GFWLE    
    E  SGTTDSGLEF GASFK    
Align  ********** *****