Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~rhymester_dan/p.needle Дата изменения: Thu Mar 6 20:35:44 2008 Дата индексирования: Tue Oct 2 01:43:47 2012 Кодировка:

########################################
# Program: needle
# Rundate: Thu 6 Mar 2008 20:44:41
# Commandline: needle
# -asequence pECOLI.fasta
# -bsequence pVIBRO.fasta
# -gapopen 10
# -gapextend 0.5
# -outfile p.needle
# Align_format: srspair
# Report_file: p.needle
########################################

#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: SUCD_ECOLI
# 2: VIBRO_ORT
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 290
# Identity: 250/290 (86.2%)
# Similarity: 272/290 (93.8%)
# Gaps: 1/290 ( 0.3%)
# Score: 1303.0
#
#
#=======================================

SUCD_ECOLI 1 MSILIDKNTKVICQGFTGSQGTFHSEQAIAYGTKMVGGVTPGKGGTTHLG 50
|||||:|:||||||||||.||||||||||||||:|||||:||||||||||
VIBRO_ORT 1 msilinkdtkvicqgftggqgtfhseqaiaygtqmvggvspgkggtthlg 50

SUCD_ECOLI 51 LPVFNTVREAVAATGATASVIYVPAPFCKDSILEAIDAGIKLIITITEGI 100
|||||||||||..|||||:|||||||||||:||||||||||||:||||||
VIBRO_ORT 51 lpvfntvreavevtgatatviyvpapfckdaileaidagiklivtitegi 100

SUCD_ECOLI 101 PTLDMLTVKVKLDEAGVRMIGPNCPGVITPGECKIGIQPGHIHKPGKVGI 150
||.||:.|||||::.|||||||||||||||.||||||.||||||.|||||
VIBRO_ORT 101 pttdmidvkvkleqtgvrmigpncpgvitpdeckigimpghihkkgkvgi 150

SUCD_ECOLI 151 VSRSGTLTYEAVKQTTDYGFGQSTCVGIGGDPIPGSNFIDILEMFEKDPQ 200
|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||:||::||.
VIBRO_ORT 151 vsrsgtltyeavkqttdegfgqstcvgiggdpipgsnfidilkmfqedpa 200

SUCD_ECOLI 201 TEAIVMIGEIGGSAEEEAAAYIKEHVTKPVVGYIAGVTAPKGKRMGHAGA 250
||||||||||||:|||||||:||.:||||||.||||||||.|||||||||
VIBRO_ORT 201 teaivmigeiggtaeeeaaafikanvtkpvvsyiagvtappgkrmghaga 250

SUCD_ECOLI 251 IIAGGKGTADEKFAALEAAGVKTVRSLADIGEALKTVLK- 289
||:||||||:|||||||:||||||:||||||:||:.|..
VIBRO_ORT 251 iisggkgtaeekfaalesagvktvksladigkalrevtgw 290


#---------------------------------------
#---------------------------------------