Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~reshetov/t4_files/2.html
Дата изменения: Wed Apr 26 15:45:10 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 08:05:37 2012
Кодировка: Windows-1251
Классификация функций. Ферменты.

Классификация функций. Ферменты.

Расшифровка кода фермента

     Код исследуемого фермента следующий: EC 2.3.1.1. Его расшифровка выглядит следующим образом:
  • 2. Transferases (Трансферазы)
  • 3. Acyltransferases (Ацилтрансферазы)
  • 1. Transferring groups other than amino-acyl groups (Переносит отличные группы от аминоацил групп)
  • 1. amino-acid N-acetyltransferase (N-ацетилтрасфераза аминокислоты)

Данные о IUPAC и IUBMB

  • IUPAC был организован в 1919 г.
  • Международная комиссия по номенклатуре ферментов была организована в 1956 г.
  • Последние уточнения в номенклатуре ферментов февраль 2006 г.

Характеристика фермента по данным ресурса Brenda

     Данный код отлично описан в ресурсе Brenda, где приведена реакция, катализируемая ферментами с данным номером:

     Так же там указаны ссылки на 188 белков с данной функцией.
     Ингибиторы приведены такие:
Ингибиторы
1,3-Diaminopropane Cu2+ L-alpha-Acetoxylglutamate N-Benzoyl-L-glutamate Pb(NO3)2
5,5'-Dithiobis(2-nitrobenzoate) EDTA L-Citrulline N-Butyryl-L-glutamate Polyamines
AgNO3 FeCl3 L-Indospicine N-Carbamoyl-L-glutamate Potassium phosphate
Arginine FeSO4 MgCl2 N-Ethylmaleimide Propionyl-CoA
BaCl2 Hg2+ MnCl2 N-propionyl-L-glutamate Putrescine
CaCl2 High ionic strength N-Acetyl-D-glutamate Ni(NO3)2 Spermidine
Cadaverine High ionic strength N-acetyl-DL-alpha-aminoadipate O-(L-Norvalyl-5)-isourea Succinate
Cd2+ K2SO4 N-Acetyl-L-aspartate Oxaloacetate
CoCl2 KCl N-Acetyl-L-glutamine p-Chloromercuribenzoate
Coenzyme A Zn2+ N-Acetylglutamate p-Hydroxymercuribenzoate
Ингибитор - Coenzyme A

     А активаторы:
Активаторы
Arginine
Cationic polypeptides
culpein
L-Argininic acid
Polyarginine
Polylysine
salmin
Triton X-100
Активатор - Polyarginine

     Оптимум рН для их работы приходится на область 8-10, в зависимости от конкретного белка.
     Болезни человека, так или иначе связанные с данным ферментом, не описаны.
     Существуют три вида субъединичной структуры, характерных для данного типа ферментов:
  • Гексамер (Escherichia coli)
  • Тример (Rattus norvegicus).

     Пострансляционные модификации, характерные для данного типа ферментов, не указаны.

Сравнение ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

     Мы искали фкрменты с данным кодом в разных организмах: человеке, Escherichia coli K-12 и Methanococcus jannaschii.
     Нашлось только два фермента:

     Мы сравнивали домен IPR001048 из ARGA_ECOLI (24-291) и из NAGS_HUMAN (138-172).
     Используя программу extractseq пакета EMBOSS, мы получили аминокислотные последовательности доменов. 
extractseq sw:ARGA_ECOLI p1.fasta -regions 24-291
extractseq sw:NAGS_HUMAN p2.fasta -regions 138-372

     С помощью программы needle мы построили выравнивание доменов ARGA_ECOLI (6-442) и NAGS_HUMAN (1-534). 
needle p1.fasta p2.fasta -outfile p1p2.txt
параметры по умолчанию


Глобальное выравнивание:
########################################
# Program: needle
# Rundate: Fri Apr 14 2006 18:27:16
# Align_format: srspair
# Report_file: p1p2.txt
########################################

#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: ARGA_ECOLI
# 2: NAGS_HUMAN
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 311
# Identity:      54/311 (17.4%)
# Similarity:    92/311 (29.6%)
# Gaps:         119/311 (38.3%)
# Score: 66.5
# 
#
#=======================================

ARGA_ECOLI         1 RGKTFVIMLGGEAIE-HENFSSIVNDIGLLHSLGIRLVVVYGARPQIDAN     49
                        ..||.:..|.:: .:..||:...:..|..:.::.:||.|        
NAGS_HUMAN         1 ---FAVIEVDEEVLKCQQGVSSLAFALAFLQRMDMKPLVVLG--------     39

ARGA_ECOLI        50 LAAHHHEPLYHKNIRVTDAKTLELVKQAAGTLQL-DITARLSMSLNNTPL     98
                                          |......:|.|.. :..|:|:.|..    
NAGS_HUMAN        40 ---------------------LPAPTAPSGCLSFWEAKAQLAKSCK----     64

ARGA_ECOLI        99 QGAHINVVSGNFIIAQP-------LGVDDGVDYCHSGRIRRIDEDAIHRQ    141
                       ..::.:..|...|.|       |...:...:...|.|..::.|.:...
NAGS_HUMAN        65 --VLVDALRHNAAAAVPFFGGGSVLRAAEPAPHASYGGIVSVETDLLQWC    112

ARGA_ECOLI       142 LDSGAIVLMGPVAVSVTGESFNLTSEEIATQLAIKLKAEKMIGFCSSQGV    191
                     |:||:|.::.|:..:....|..|.|.|:...||..|:..|:| |.::.|.
NAGS_HUMAN       113 LESGSIPILCPIGETAARRSVLLDSLEVTASLAKALRPTKII-FLNNTGG    161

ARGA_ECOLI       192 TNDDG----------------------------------DIVSELFPNEA    207
                     ..|..                                  |::|.| |:.:
NAGS_HUMAN       162 LRDSSHKVLSNVNLPADLDLVCNAEWVSTKERQQMRLIVDVLSRL-PHHS    210

ARGA_ECOLI       208 QARVEAQEEKGDYNSGTVRFLRGAVKACRSGVRRCHLISYQEDGALLQEL    257
                     .|.:.|.                                    ..||.||
NAGS_HUMAN       211 SAVITAA------------------------------------STLLTEL    224

ARGA_ECOLI       258 FSRDGIGTQIV    268
                     ||..|.||...
NAGS_HUMAN       225 FSNKGSGTLFK    235


#---------------------------------------
#---------------------------------------

     Глобальное выравнивание показало, что последовательности доменов очень далекие. Чтобы найти хоть какое-то сходство мы построили локальное выравнивание с помощью программы water (параметры по-умолчанию).
Локальное выравнивание:
########################################
# Program: water
# Rundate: Fri Apr 14 2006 18:32:25
# Align_format: srspair
# Report_file: arga_ecoli.water
########################################

#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: ARGA_ECOLI
# 2: NAGS_HUMAN
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 172
# Identity:      35/172 (20.3%)
# Similarity:    54/172 (31.4%)
# Gaps:          72/172 (41.9%)
# Score: 79.0
# 
#
#=======================================

ARGA_ECOLI       128 GRIRRIDEDAIHRQLDSGAIVLMGPVAVSVTGESFNLTSEEIATQLAIKL    177
                     |.|..::.|.:...|:||:|.::.|:..:....|..|.|.|:...||..|
NAGS_HUMAN        99 GGIVSVETDLLQWCLESGSIPILCPIGETAARRSVLLDSLEVTASLAKAL    148

ARGA_ECOLI       178 KAEKMIGFCSSQGVTNDDG-------------------------------    196
                     :..|:| |.::.|...|..                               
NAGS_HUMAN       149 RPTKII-FLNNTGGLRDSSHKVLSNVNLPADLDLVCNAEWVSTKERQQMR    197

ARGA_ECOLI       197 ---DIVSELFPNEAQARVEAQEEKGDYNSGTVRFLRGAVKACRSGVRRCH    243
                        |::|.| |:.:.|.:.|.                             
NAGS_HUMAN       198 LIVDVLSRL-PHHSSAVITAA-----------------------------    217

ARGA_ECOLI       244 LISYQEDGALLQELFSRDGIGT    265
                            ..||.||||..|.||
NAGS_HUMAN       218 -------STLLTELFSNKGSGT    232


#---------------------------------------
#---------------------------------------
Значение Identity: 35/172 (20.3%) все равно очень мало.
Это, видимо, далеко разошедшиеся родственные (?) белки с похожей функцией.

Характеристика фермента по данным ресурса ENZYME

В ресурсе ENZYME можно найти следующее:
  • Там можно найти название фермента: Amino-acid N-acetyltransferase.
  • Его синоним: N-acetylglutamate synthase.
  • Катализируемую реакцию:
    Acetyl-CoA + L-glutamate <=> CoA + N-acetyl-L-glutamate (со структурами веществ, участвующих в реакции).
  • Ссылки на другие базы данных. Причем очень удобные ссылки на UniProtKB/Swiss-Prot.
  • Взаимодействие с нестандартными субстратами.
  • Ссылки на литературные данные.

© Решетов Денис, 2006