Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~ramil.mintaev/projects/CLPB_ECOLI/Aln2.php
Дата изменения: Unknown Дата индексирования: Fri Feb 28 16:05:07 2014 Кодировка: Windows-1251 |
include ("../../inc/apss.inc"); ?>
include("../../inc/header.inc"); ?>
Парные выравнивания аминокислотных последовательностей.Работа в командной строке Linux
Попытаемся создать файл, содержащий аминокислотную последовательность в fasta формате белка clpb_ecoli и clpl_lacla. При этом последовательности "добудутся" из банка данных SwissProt Выполняю команду:
seqret sw:p63284 -autо
seqret sw:Q06716 -autо
Появляются нужные мне файлы, содержащие а/п в fasta формате, пригодном для использования в программах из пакета EMBOSS.Более подробное описание и эмоции, вызванные работой с командной строкой Linux, можно найтиздесь.Строим и сравниваем оптимальные глобальное и оптимальное локальное выравнивание 2-х последовательностей
Строим полное (глобальное) оптимальное выравнивание с помощью программы needle пакета EMBOSS.
Пользуясь программой seqret, я создал файл с последовательностью белка, родственного моему (clpl_lacla - функция, по UniProt, ' Could be the ATP-dependent specificity component of an ATP-dependent protease. - Мог быть АТФ-зависимым специфическим компонентом АТФ-зависимой протеазы.' Белок из организма Lactococcus lactis subsp. lactis).
Далее выполняю команду needle clpb_ecoli.fasta clpl_lacla.fasta cola.needle -auto в командной строке Linux. Полученный файл - это своего рода отчет парного выравнивания.Потом я изменил значения по умолчанию. При повторе предыдущей команды, но опустив опцию "-auto" и дав параметр вдвое большие значения, чем заданные по умолчанию (сообщаются как раз-таки не в квадратных скобках :-), получается немного другое выравнивание: количество очков уменьшилось на 192, идентичность не изменилась, сходство уменьшилось на 0.8%, гэпы(!) уменьшились на 5.2%(!).
cola.needle cola_schtr.needle #================================ #================================ # Aligned_sequences: 2 # Aligned_sequences: 2 # 1: CLPB_ECOLI # 1: CLPB_ECOLI # 2: CLPL_LACLA # 2: CLPL_LACLA # Matrix: EBLOSUM62 # Matrix: EBLOSUM62 # Gap_penalty: 10.0 # Gap_penalty: 20.0 # Extend_penalty: 0.5 # Extend_penalty: 1.0 # # # Length: 897 # Length: 872 # Identity: 310/897 (34.6%) # Identity: 302/872 (34.6%) # Similarity: 458/897 (51.1%) # Similarity: 439/872 (50.3%) # Gaps: 174/897 (19.4%) # Gaps: 124/872 (14.2%) # Score: 1248.5 # Score: 1056.0 #================================ #================================Для сравнения выравниваний мне понадобятся файлы, пригодные для импорта в GeneDoc. Для этого выполняю команды:
needle clpb_ecoli.fasta clpl_lacla.fasta cola.msf -auto -aformat msf
needle clpb_ecoli.fasta clpl_lacla.fasta cola_schtr.msf -aformat msf в командной строке Linux.Строим локальное (частичное) оптимальное выравнивание с помощью программы water пакета EMBOSS
Аналогично, по той же схеме, выполняем команды:
для импорта в GeneDoc:
water clpb_ecoli.fasta clpl_lacla.fasta cola.water -auto Файл cola.water
water clpb_ecoli.fasta clpl_lacla.fasta cola_sctr.water (параметры в двое <) файл cola_sctr.waterв командной строке Linux.
water clpb_ecoli.fasta clpl_lacla.fasta cola.msf -auto -aformat msf Файл cola.water
water clpb_ecoli.fasta clpl_lacla.fasta cola_sctr.msf -aformat msf файл cola_sctr.water (параметры в двое <)Сравнивание полученных выравниваний
есть ли хотя бы один пример того, что одной и той же позиции первой последовательности в разных глобальных выравниваниях сопоставлены разные позиции второй последовательности?
Да, есть такие. При глобальном выравнивании (# Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5 & # Gap_penalty: 20.0 # Extend_penalty: 1.0) одной и той же позиции первой последовательности сопоставлены разные позиции второй последовательности. В таблице представлены некоторые из них.
Глобальное выравнивание ?? позиций при # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5
'* - **' *-clpb_ecoli, **-clpl_lacla?? позиций при # Gap_penalty: 20.0 # Extend_penalty: 1.0
'* - **' *-clpb_ecoli, **-clpl_lacla44-18 44-24 Gap-27 47-27 80-64 80-60 есть ли хотя бы один пример того, что одной и той же позиции первой последовательности в разных локальных выравниваниях сопоставлены разные позиции второй последовательности?
Программа water, когда выводит файл в формат msf, путает номера последовательностей. Можно только косвенно догадаться об номерах замен. Постараюсь это сделать с помощью исходных файлов .water, представив данные в таблице.
Локальное выравнивание ?? позиций при # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5
'* - **' *-clpb_ecoli, **-clpl_lacla?? позиций при # Gap_penalty: 5.0 # Extend_penalty: 0.25
'* - **' *-clpb_ecoli, **-clpl_lacla101-81 101-Gap 103-83 103-Gap 104-84 104-103 есть ли хотя бы один пример того, что в одном глобальном выравнивании какой-либо позиции первой последовательности сопоставлена некоторая позиция второй, а в другом выравнивании против той же позиции оказался пропуск?
Да, есть - смотрите таблицу для 1 вопроса.
есть ли хотя бы один пример того, что в одном локальном выравнивании какой-либо позиции первой последовательности сопоставлена некоторая позиция второй, а в другом выравнивании против той же позиции оказался пропуск?
Да, есть - смотрите таблицу для 2 вопроса.
соответствуют ли оптимальные локальные выравнивания, построенными с использованием разных параметров, одним и тем же фрагментам последовательностей?
Соответствуют в некоторых местах.. получается, что особенно хорошо в конце и в середине:
![]()
совпадают ли локальные выравнивания с соответствующими частями глобальных выравниваний?
Опять-таки совпадают в некоторых местах, особенно в конце. Например кусочек из локального(1) выравнивания clpb_ecoli: 571-583 соответствует глобальному(2) выравниванию с позицией (на рис внизу) - clpb_ecoli: 670-682.
![]()
----------------------------------------
Попытаемся построить карту локального сходства заданных последовательностей с помощью программы dotmatcher пакета EMBOSS
Для этого выполняем команду dotmatcher clpb_ecoli.fasta clpl_lacla.fasta -graph ps в командной строке Linux.
Полученный файл dotmatcher.ps*Конвертировал файл postscript в pdf. В конце получил картинку локального сходства:
На картинке очень хорошо заметны две протяженные линии, обозначенные как 1 и 2. Возможно, это функциональные участки, имеющие биологический смысл.
Попытаемся получить несколько субоптимальных локальных выравниваний заданных последовательностей с помощью программы matcher пакета EMBOSS.
Для этого выполняем команду matcher clpb_ecoli.fasta clpl_lacla.fasta -alt 6 в командной строке Linux.
Полученный файл cola.matcher*Выберим из полученного файла несколько субоптимальных локальных выравниваний:
#-------- # # Aligned_sequences: 2 # 1: CLPB_ECOLI # 2: CLPL_LACLA # Matrix: EBLOSUM62 # Gap_penalty: 14 # Extend_penalty: 4 # #-------- #======================================= # # Length: 18 # Identity: 9/18 (50.0%) # Similarity: 13/18 (72.2%) # Gaps: 0/18 ( 0.0%) # Score: 45 # # #======================================= 610 CLPB_E LFLGPTGVGKTELCKALA : .: .::::: . . :: CLPL_L LLVGESGVGKTAVVEGLA 180 190 #======================================= # # Length: 40 # Identity: 14/40 (35.0%) # Similarity: 18/40 (45.0%) # Gaps: 0/40 ( 0.0%) # Score: 43 # # #======================================= 650 660 670 680 CLPB_E SVSRLVGAPPGYVGYEEGGYLTEAVRRRPYSVILLDEVEK :: :: : : .: . .: .: :: :: : CLPL_L SVERLTGIPVSDMGANDIEHLKNLDKRLKVMVIGEDEAVK 450 460 470 480 #======================================= # # Length: 26 # Identity: 10/26 (38.5%) # Similarity: 17/26 (65.4%) # Gaps: 1/26 ( 3.8%) # Score: 41 # # #======================================= 140 150 CLPB_E ATTANITQAIEQMRGGESVNDQGAED :: .. :..:.. : :.: :: : CLPL_L ATIDDVAQSVERLTG-IPVSDMGAND 440 450 460 #=======================================