Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~plazmoliz/Term4/ontology.html
Дата изменения: Sun Apr 19 16:01:39 2009 Дата индексирования: Tue Oct 2 12:21:30 2012 Кодировка: Windows-1251 |
В отчете укажите:
Получите полную запись банка Swiss-Prot, описывающую последовательность белка человека. В поле DR найдите и проанализируйте строки, посвященные терминам GO, ассоциированным с данной записью UniProt. По этим данным опишите функцию заданного белка в таблице следующего вида:
Онтология GO (название словаря) | Количество ассоциированных терминов GO | Краткий ответ на вопрос | |
---|---|---|---|
Где? | C | 2 | Цитоплазма,ядро |
Зачем, для чего? | P | 9 | JNK каскад;регуляция MAP-киназ,липосахаридов, роста и миграции гладких мыщечных клеток; |
Молекулярный механизм? | F | 3 | Активатор/ингибитор протеин-киназной активности. |
Специфичность? | F | 2 | Cвязывает АТФ Связывание с транскрипционными факторами |
Отчет представить в виде таблицы нижеследующего вида (HTML-формат) и краткого комментария (1–2 фразы).
Количество записей | Запрос | |
Всего из данного организма | 7876 | Organism name: Arabidopsis thaliana |
С идентификаторами всех трех онтологий GO | 4528 | Organism name: Arabidopsis thaliana DBxref_: GO:&P:&F:&C: |
В том числе (укажите Вашу группу) | 5 | Organism name: Arabidopsis thaliana |
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS) | 5 | Organism name: Arabidopsis thaliana DBxref_:(GO:&P:&F:&C:nuclear membrane)&(EXP:|IDA:|TAS:) |
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS) | 0 | Organism name: Arabidopsis thaliana DBxref_:(GO:&P:&F:&C:nuclear membrane)&(EXP:|IDA:|TAS:)!(IPI:|IMP:|IGI:|IEP:|ISS|:ISA:|ISM:|IGC:|RCA:|NAS:|IC:|ND:|IEA:|NR:) |
©Петрова Светлана,2009